Nom : Alain Pavé

Sexe: masculin

Âge : 69 ans (déjà!)

Anniv. : 6 mai

Statut familial : veuf et un garçon (réussi!)

Éducation : Bonne selon mes amis et même mes ennemis 



Parcours professionnel

Principaux diplômes et grades universitaires : Ingénieur (INSA-Lyon, 1966, promotion A.M. Ampère), DEA Biologie générale et appliquée (option biométrie, 1967, TB, major ex-æquo), Docteur de spécialité (Lyon, 1969, TH-FJ), Docteur d’État ès Sciences (1980, TH-FJ)

Formations complémentaires : Institut de statistique de l’Université de Paris (1969), Institut de perfectionnement à la gestion de la recherche, CNRS (1995, promotion E. Borel)

Carrière : Assistant (1966, Faculté des sciences, Lyon), Maître-Assistant (1969) puis Professeur des universités  (1983), Professeur de classe exceptionnelle (2e échelon au 1/09/07) en détachement au CNRS (DRCE2) jusqu’au 05/05/2008. Professeur des université (CE2) du 6 mai 2008 au 31 août 2011. Professeur émérite à partir du 1er septembre 2011.

Enseignements dispensés : mathématiques, biomathématiques, biostatistiques, bioinformatique, modélisation, dynamique des populations, écologie théorique et évolution.

Spécialités scientifiques : modélisation mathématique et simulation des systèmes biologiques et écologiques, bioinformatique et biostatistique, dynamique de la biodiversité, biologie et écologie théoriques, biologie et écologie évolutives, sciences de l’environnement.

Production, communication et encadrement scientifiques (au 01/09/11) : 143 publications (articles et ouvrages), direction de 32 thèses, plusieurs participations à des films scientifiques, à des émissions de télévision et de radio, 27 conférences comme invité depuis 2000.

Fonctions principales : directeur d’équipe de recherche (1980), directeur de l’URA 243 « Biométrie, Génétique et Biologie des Populations » UCBL-CNRS (1986-1995), directeur adjoint du Programme Environnement du CNRS (1990-1994), directeur du Programme Environnement, Vie et Sociétés du CNRS (1994-1998), directeur de l’UPS CNRS-Guyane et représentant du CNRS en Guyane (2002-2004, renommé en 2006), directeur du Programme Amazonie du CNRS (2004-2011), chargé de mission auprès du directeur général du CNRS (2007-2011), chargé du projet scientifique du centre de recherche de Rovaltain sur l’écotoxicologie et la toxicologie environnementale (2008-2010).

Parmi les autres fonctions : 

-Membre du Conseil Supérieur de la Recherche et de la Technologie (1997-2001), du Conseil scientifique de l’INRA (1993-1996), du Conseil scientifique et technique du Cemagref (1992-1996), du Conseil scientifique du département puis de l’Institut de biologie de l’ENS/Ulm (1990-2000), membre du Conseil National des Universités (1996-1999), du Conseil scientifique et du Conseil de l’école doctorale de l’Université des Antilles et de la Guyane (2005-2008).

-Président des conseils scientifiques du GIP ECOFOR (1992-1995), de l’ORSTOM-IRD (1996-2000), du CIRAD (1996-1999), de l’INERIS (1998-2002)

-Expert auprès du Conseil National d’Évaluation de la Recherche (2004), pour l’évaluation de la contribution française à la recherche agronomique internationale.

Académies et sociétés savantes: membre correspondant de l’Académie d’Agriculture de France (depuis 2000), membre titulaire de l’Académie des Technologies (depuis 2002), membre de l’Académie des Sciences de New York (2006), Sigma Xi Full Member (2007), membre de plusieurs autres sociétés savantes dont l’AAAS.

Distinctions : Chaire et Médaille de la fondation Francqui (Univ. Gand, 1988), Médaille de l’université de Gand (1988), Chevalier de la Légion d’Honneur (2000).

LA LISTE DES PUBLICATIONS TÉLÉCHARGEARBLES ET LES LIENS CORRESPONDANTS SONT RÉFÉENCÉS DANS LA NOUVELLE PAGE : CHOIX DE PUBLICATIONS À TÉLÉGHARGER

Derniers ouvrages :

La nécessité du hasard. EDP Sciences, Les Ulis, 2007.

Résumé : Le hasard est essentiel aux systèmes vivants et à leur évolution. C’est un facteur externe, mais aussi et surtout le produit de mécanismes internes ; on le retrouve à tous les niveaux d’organisation du monde vivant, du gène à la biosphère. Ce livre nous montre comment ces mécanismes internes, véritables roulettes biologiques et écologiques, de nature déterministe, fonctionnent dans des domaines chaotiques en produisant des résultats de type aléatoire. Face à un environnement changeant, imprévisible et souvent agressif, ils engendrent la diversité qui permet aux organismes, aux populations ou aux écosystèmes de subsister, de s’adapter et d’évoluer. Ces mécanismes sont aussi des produits de l’évolution. C’est à ce prix que la vie a pu se maintenir sur notre planète : le hasard n’est pas subi, il est tout simplement nécessaire à la vie. Penser la biodiversité, à toutes les échelles et à tous les niveaux, permet une lecture intégrée du vivant. Pour mieux la comprendre et modéliser sa dynamique, il nous faut récolter des données quantitatives tant au laboratoire que sur le terrain. La nécessité du hasard cherche à évaluer le champ de nos connaissances sur la biodiversité et son évolution, ainsi que les limites de l’action de l’Homme face à ces dynamiques spontanées, qui lui échappent le plus souvent. Ce livre est aussi un appel urgent à prendre en compte l’impérieuse nécessité de l’évaluation et de l’analyse de la biodiversité pour mieux la gérer.

On the Origins and Dynamics of Biodiversity: the Role of Chance. Springer US, New York, July 2010.

Summary: Chance plays a central role in the origins and dynamics of biodiversity But where chance does come from? Although its existence has long been accepted as a fact, the theory of probability only allows us to examine the random events produced by chance without enabling us to determine what creates it – and this despite knowing that living systems (from the cell to organisms, populations, communities and ecosystems) need chance to survive. In this book on living systems, we identify two origins: one external, coming from the environment, and the other, internal, produced by biological mechanisms that are molecular as well as cellular, demographic and ecological. These internal mechanisms – veritable “biological roulettes” - are similar to the mechanical devices that bring about “physical chance”. They are at once the products and the engines of evolution and they also generate biodiversity, often in response to the vagaries of the environment. By creating biodiversity, these biological roulettes act as a kind of a life insurance that, on an evolutionary scale, ensure that life will continue after great upheaval: within the wide variety of organisms, there are some that are potentially adapted to new environmental conditions. From among those that survive, a new living world will grow and diversify. By examining biodiversity at all scales and all levels, this book seeks to evaluate the breadth of our knowledge on this topical subject; to propose an integrated look at living things; and to assess the role of chance in the dynamics of biodiversity, from populations to ecosystems and the biosphere, and more generally in evolutionary processes. Finally, it suggests that by simultaneously examining the mechanisms of diversification, maintenance and extinction, we can model the dynamics of biodiversity to better understand it and predict its variations and, thus, to foresee the practical aspects for managing living systems. 

http://www.springer.com/life+sciences/ecology/book/978-1-4419-6243-0

Amazonie, une aventure scientifique du CNRS (en collaboration avec Gaëlle Fornet). Galaade, Paris, 2010.

Résumé : Cet ouvrage raconte l’implantation et le développement du CNRS en Guyane, articulé autour du programme interdisciplinaire de recherche Amazonie. Trouvant son origine dans l’émergence des concepts de développement durable et de biodiversité dans les années 80-90, cette aventure débute en 2002, s’amplifie en 2004, et s’appuie sur l’expérience de chercheurs renommés et s’ancrant dans un savoir-faire unique de pratique et d’organisation de l’interdisciplinarité ouverte à des scientifiques d’autres institutions, nationales et étrangères. Ce savoir-faire prouve son efficacité par la nouveauté et la qualité des résultats obtenus permettant d’en savoir plus sur cette région mythique, sur son histoire naturelle et humaine, sur sa biodiversité, sur des produits et des technologies de demain, sur des voies alternatives de développement, sur des avenirs possibles. Il montre aussi l’émergence d’une pensée scientifique et détaille la mécanique de son élaboration sur un sujet aussi complexe que celui de la biodiversité.

Comment se fait la recherche scientifique ? Comment est-elle décidée, conçue et organisée ? Quels en sont les acteurs ? Quels sont ses résultats et son influence ? Au delà de la narration de cette aventure, cet ouvrage apporte des réponses à ces questions rarement évoquées hors des cercles académiques.

Les termes choisis, rendent les textes accessibles à un large public curieux de la science, de son fonctionnement, de ses apports culturels et matériels, et de ses méthodes. Science faite par des hommes et des femmes, aux frontières de la connaissance. Abondamment illustré, il ouvre aussi des espaces de rêve qu’autorise son objet de recherche : l’Amazonie.

http://www.galaade.com/oeuvre/amazonie

La course de la gazelle

EDP Sciences, 2011.

http://laboutique.edpsciences.fr/produit/9782759805518

Comme la gazelle face à son prédateur, les êtres vivants sont soumis au hasard et l’utilisent. Hasard de la rencontre, hasard de la course pour éviter d’être mangé.

Plus généralement, quelles sont les différentes facettes du hasard ? Est-il  favorable ou défavorable ? Quels sont ses origines ? Quel rôle joue-t-il ? La vie et son évolution sont-elles tout simplement possibles sans hasard ? Quelle est la vision qu’en ont les scientifiques, en premier lieu les biologistes et les écologues ? Qui sont ces biométriciens qui traitent de la variabilité du vivant et donc des effets du hasard ? Quel rôle jouent-ils dans les sciences de la vie, non seulement dans les aspects pratiques, mais aussi dans des dimensions plus fondamentales ?

Autant de questions qui sont abordées dans ce livre et qui montre que le rôle du hasard est primordial : il n’est pas un phénomène parasite, mais bien souvent indispensable au bon fonctionnement des organismes et des écosystèmes. Il est même un moteur essentiel de l’évolution biologique. C’est ce que nous montrent de plus en plus de travaux actuels, mais aussi l’histoire : l’histoire mouvementée de la vie sur la terre, ayant conditionné son évolution, et l’histoire des idées des scientifiques qui ont continuellement bouleversé notre vision du monde depuis deux siècles. Mettre le hasard au cœur du vivant est d’actualité et prépare une sorte de « révolution copernicienne » dans les sciences de la vie.

La science n’est pas isolée du reste de la société, de l’économie, de la politique, des cultures, des croyances et des religions. Quelles sont les conséquences de ces imprégnations multiples ? N’y a-t-il pas des sources de confusions, des incompréhensions mutuelles ? N’est-il pas indispensable de mieux catégoriser nos ordres de pensée, par exemple de ne pas discuter de science avec des arguments religieux et inversement ? Le dernier chapitre de ce livre lève le coin du voile sur ces questions très présentes dans les débats contemporains.

Modélisation des systèmes vivants, de la cellule à l’écosystème. Hermes Lavoisier, 2012.

Résumé : La modélisation est devenue une méthodologie incontournable dans les sciences et les technologies du vivant. Cependant, quand doit-on avoir recours au modèle et comment l’appliquer ?Didactique, cet ouvrage propose de nombreux exemples partant de la question biologique, suivie de la construction du modèle, de sa mise en oeuvre numérique et de l’interprétation des résultats. Les éléments fournis permettent de refaire la démarche et les calculs. Les principaux outils sont présentés dans un langage accessible aux lecteurs ayant une culture mathématique de base. Les aspects conceptuels et théoriques sont également exposés avec précision.L’histoire de la méthode, les dimensions épistémologiques et éthiques ainsi que les développements futurs sont aussi introduits. 

Alliant pratique et théorie, mathématiques, biologie, écologie,histoire et perspectives, Modélisation des systèmes vivants permet d’acquérir à la fois une culture et une technicité dans ce domaine.

http://www.lavoisier.fr/livre/notice.asp?ouvrage=2650102&pos=1

Modeling Living Systems

From Cell to Ecosystem

Alain Pavé, University Claude Bernard, Lyon, France

ISBN: 9781848214231

Publication Date: October 2012   Hardback   640 pp.

Description

Modeling is now one of the most efficient methodologies in life sciences. From practice to theory, this book develops this approach illustrated by many examples; general concepts and the current state of the art are also presented and discussed.
An historical and general introduction informs the reader how mathematics and formal tools are used to solve biological problems at all levels of the organization of life. The core of this book explains how this is done, based on practical examples coming, for the most part, from the author’s personal experience. In most cases, data are included so that the reader can follow the reasoning process and even reproduce calculus. The final chapter is devoted to essential concepts and current developments. The main mathematical tools are presented in an appendix to the book and are written in an adapted language readable by scientists, professionals or students, with a basic knowledge of mathematics.

Contents

1. Methodology of Modeling in Biology and Ecology.
2. Functional Representations: Construction and Interpretation of Mathematical Models.
3. Growth Models – Population Dynamics and Genetics.
4. Models of the Interaction Between Populations.
5. Compartmental Models.
6. Complexity, Scales, Chaos, Chance and Other Oddities.
Appendix 1. Differential Equations.
Appendix 2. Recurrence Equations.
Appendix 3. Fitting a Model to Experimental Results.
Appendix 4. Introduction to Stochastic Processes.

http://www.iste.co.uk/index.php?f=a&ACTION=View&id=517

Les cailloux du Petit Poucet

Du laboratoire à l’Amazonie, à propos du vivant et des sciences qui en parlent

EDP Sciences, 2015

http://laboutique.edpsciences.fr/produit/775/9782759817535/Les%20cailloux%20du%20petit%20Poucet

Les sciences de la vie sont en pleine expansion. Du moléculaire à l’écologique les résultats s’accumulent grâce à de nouvelles techniques, méthodes et concepts. Ces sciences répondent à de multiples finalités pour la santé, l’alimentation, l’environnement ainsi qu’en termes de biotechnologies et d’ingénierie écologique. Les avancées posent aussi des problèmes liés à leur mise en œuvre, nécessitant d’explorer les dimensions éthiques, épistémologiques et philosophiques.

Depuis les années 1970, l’arsenal des sciences de la vie inclut les modèles mathématiques pour étudier le vivant à toutes les échelles, de la cellule à la biosphère, d’une population microbienne aux larges communautés d’êtres vivants, de l’apparition de la vie sur la planète à l’époque actuelle, foisonnante de biodiversité, dans la dynamique d’une évolution où l’on voit désormais que la vie produit des aléas assurant sa pérennité et son évolution. Au delà des résultats obtenus dans des situations particulières, les modèles sont aussi des repères, des sortes de petits cailloux, pour cheminer dans les sciences de la vie permettant d’explorer le vivant de façon cohérente, tout en se confrontant en permanence à la réalité. Ils sont aussi des moyens pour penser, pour spéculer, pour énoncer des hypothèses, par exemple sur l’origine du hasard, et enfin pour faire émerger une vision unificatrice du vivant. Enfin, ils sont des outils utiles dans le dialogue interdisciplinaire et pour la réflexion épistémologique, par exemple sur l’écologie et sur son sujet devenu central : la biodiversité.

L’auteur présente ces diverses facettes à partir de son expérience personnelle, qui l’a conduit du cellulaire à l’écosystème, il nous fait vivre une « aventure scientifique et humaine » où les modèles, présentés simplement jouent un rôle essentiel, où la trajectoire d’un chercheur épouse celle de quelques-unes des grandes questions de la science et que la société pose aujourd’hui à la science. Une aventure qu’il aimerait que des jeunes de plus en plus nombreux puissent partager.