Parmi, les quelques 150 publications que j'ai écrites à ce jour, une cinquantaine ont été sélectionnées, que je peux mettre à disposition des lecteurs. Bien sûr, les ouvrages édités ne font pas partie du lot car je suis lié par des contrats d'édition. En premier lieu, je propose une notice biographique où toutes les références sont données (les fichiers téléchargeables sont en fin de page) :

 

Fichier: 0-Biographie(Alain Pavé)-Eméritat-2012-2014.

 

Cette notice présente ma trajectoire scientifique quelque peu non standard qui témoigne au moins d'un chose: on peut s'éloigner des sentiers bien tracés, des autoroutes de la science et y réussir quand même pas trop mal. Mes publications successives en sont la trace. Je pense quelque part avoir été un déffricheur, un traceur de layons, voire même un passeur de frontière, et d'avoir aussi beaucoup consacré au aspects collectifs de la recherche, sans pour autant m'oublier... Enfin, pour ce qui concerne la modélisation, une part importante peut être aussi trouvée dans mes ouvrages.

 

Ci-dessous la liste des publications téléchargeables avec le plus souvent un résumé du contenu et le numéro du fichier correspondant ou un lien internet. Dans les années 1960-1970, nous n'étions pas contraints à publier "à tout va". Souvent même il était conseillé d'éviter des publications précoces pendant que nous faisions notre thèse d'État. J'ai  malgré tout dérogé un peu à cette habitude, en plus en faisant quelques publications en anglais, mais sans enter dans une publiomanie frénétique. 

 



Pavé A. - Essais de définition d'une température optimale de mesure du métabolisme de base chez les poïkilothermes. C.R.A.S., 1465-1467, 1968.

 

Cette publication est issue des travaux que j'ai faits pour ma thèse de 3e cycle. J'en garde un souvenir ému, non seulement parce que c'sst ma première publication, mais parce qu'elle a été présentéepar Georges Tessier, qui, de bien des points de vues, a marqué la science française. Déjà motivé par les aspects conceptuels et méthodologiques, je n'ai pas poursuivi dans cette direction, en accord bine sûr avec mon "patron", Jean-Marie Legay.

 

Fichier : 1-AP-MetabPoikilothermes-CRAS-1968

 

Pavé A. et Lebreton J.D. - MILADIE : un mini-langage d'application pour le traitement numérique d'équations différentielles et de récurrence. RAIRO, B-2, 73-79, 1973.

 

Première publication en informatique : nous avons, avec Jean-Dominique élaboré un langage de simulation où nous entrions explicitement les équations sous forme symbolique et nous avions des sorties graphiques rustiques sur imprimantes; mais utiles. On ne parlait pas encore de bioinformatique, mais cet article a été l’une des premières du laboratoire qui a participé à l’émergence de cette discipline. Il nous a été très utile pour élaborer nos premiers modèles.

 

Fichier : 2-AP-JDL-Miladie-1973

 

Chassé J.L., Legay J.M. et Pavé A. - Le modèle de Volterra-Kostitzin en dynamique des populations, ajustement et interprétation des paramètres. Ann. Zool. Ecol. Anim., 9, 425-441, 1977



Il s'agit d'une publication qui montre diverses situations biologiques auxquelles ce modèle peut s'appliquer et d'une des premières où des méthodes numériques d'estimation des paramètres dans ce type de modèle ont été mises en œuvre. Par la suite, ces méthodes ont été améliorées (cf. ci-après).

 

Fichier: 3-JLC-JML-AP-LeModeleVolterraKostitzin_1977

 

Pavé A. - Estimation of tracer waiting time in morphological structures using a catenary irreversible compartmental system. Exp. Cell Research, 149-150, 1977.

 

L'intérêt de cet article réside dans l'estimation de temps de synthèse et de transit intracellulaire de macromolécules grâce à un modèle à compartiment.

 

(pdf à venir).

 

Pavé A. et Pagnotte Y. - An approach to Computer-Aided-Design, a tool for mathematical modeling in Biology and Ecology. Comput. in Biol. and Med., 7, 301-310, 1977.

 

 Cet article présente un langage symbolique de "type chimique" pour décrire des interactions entre des entités, des populations moléculaires ou d'organismes, et propose un algorithme de génération du système différentiel modélisant la dynamique de ces populations.

 

Fichier : 4-AP-YP-AnApproachToComputerAidedDesign_1977.

 

Pavé A. - Dynamics of Macromolecular populations : a Mathematical Model of the Quantitative Changes of RNA in the silkgland during the last larval instar. Biochimie, 61, 263-273, 1979.

 

Le modèle utilisé pour représenter ces dynamiques, présentant successivement une phase de croissance et une autre de décroissance, est celui de Volterra-Kostitzin. Des méthodes numériques fines d'estimation des paramètres et de leur précision ont été conçues permettant de comparer efficacement des dynamiques différentes. L'utilisationde ce modèle a permis d'obtenir des résultats biologiques intéressant, notamment de montrer que le processus déterminant pour expliquer les différences était la dégradation des ARN et non la synthèse, hypothèse la plus communément admise à l'époque.  

 

Fichier : 5-AP-DynamicsOfMacromolecularPopulations_1979.

 

Grantham R., Gautier C., Mercier R. et Pavé A. - Codon catalog usage and the genome hypothesis. Nucleic Acids Research, 8, 49-62, 1980.

 

Cet article a au moins un intérêt historique; C’est l’un des premiers exemples d’analyse des données génomiques utilisant une méthode multivariée (l’analyse factorielle des correspondances) et qui montre notamment que l’utilisation des codons synonymes n’est pas aléatoire, liée notamment à l’expression du gène et soumis à un processus de sélection naturelle. De ce fait, nous avons là l’une des premières mise en évidence de cette sélection au niveau du génome et donc de l’expression d’un mécanismes darwinien à ce niveau.

 

Fichier : 6-RG&al-nar00418-0265-1980.

 

Chéruy A., Gautier C., Pavé A. - Analyse des systèmes biologiques : certains aspects liés à la modélisation. In “ la notion de système dans les sciences contemporaines", tome 1 “ méthodologies", Ed. J. Lesourne. Lib. de l'Université (Aix-en-Provence), 1982,72-152.

 

Cet article a été tiré d’une publication interne au CNRS dans le cadre de l’ATP «Analyse des Systèmes». Il a ensuite été publié sous cette référence, mais la version primitive, plus complète et détaillée, apparaît plus intéressante au moins pour avoir une idée de l’état de l’art au début des années 1980 à une époque où l’on a tendance à réinventer beaucoup de choses. Ce texte est aussi une mémoire: celle de notre coopération avec les collègues automaticiens, notamment de Grenoble.

 

Fichier : 7-AP-CG-CheruyA-1980.

 

Corman A. et Pavé A. - On parameter estimation of Monod's Bacterial growth model from batch culture data. J. Gen. & Appl. Microbiol., 29, 91-101, 1983

 

Une méthode originale et efficace d'estimation des paramètres de ce modèle générique en microbiologie.

 

Fichier : 8-AC-AP-OnParameterEstimationOfMonod'sBacterial_1983.

 

Pavé A., Corman A. et Bobillier-Monot B. Utilisation et interprétation du modèle de Gompertz, application à l’étude de la croissance de jeunes rats musqués (Ondatra zibethica L.). Biométrie-Praximétrie, 26, 123-140, 1986.

 

Une autre illustration de l'efficacité de la modélisation et de la démarche proposée pour l'interprétation biologique du modèle, pour l'estimation de ses paramètres et de leur précision conjointe permettant la comparaison des courbes de croissance de divers individus (présentation graphique dans l'espace des paramètres).

 

Fichier : 9-AP-AC-BBM-UtilisationEtInterpretationDuModeleDeGompertz_1986

 

Pavé A. et Rechenmann F.- Computer aided modelling in biology : an Artificial Intelligence approach. « A.I. Applied to Simulation », SCS Simul. Serie, 18, 52-66, 1986.

 

L'un des articles fondateurs de ce qui sera plus tard la bioinformatique à partir d'une programmation centrée-objet associée à la programmation procédurale pour les algorithmes numériques. Le champ d'application est la dynamique des populations : l'architecture d'une base de connaissance est proposée contenant les modèles, les interprétations biologiques de ces modèles et les algorithmes associés.

 

Fichier : 10-AP-FR-ComputerAidedModelingInBiology_1986

 

Corman A., Carret G., Pavé A., Flandrois J.P., Couix C. - Bacterial growth measurement using an automated system : mathematical modelling and analysis of growth kinetics. Ann. Inst. Pasteur / Microbiol., 137-B, 133-143, 1986.

 

Le début d'un coopération efficace et sympathqiue avec des collègues du secteur médical qui nous a permis aux uns et aux autres de progesser sérieusement.

 

Fichier : Pdf à venir

 

Steinberg C., Faurie G., Zegermann M., Pavé A. - Régulation par les Protozoaires d'une population bactérienne introduite dans le sol. Modélisation mathématique de la relation prédateur-proie. Rev. Ecol. Biol. Sol, 24, 1, 49-62, 1987

 

Cet exemple est une illustration du pouvoir heuristique de la modélisation. La régulation de la population microbienne était supposée due à la compétition et c'est en confrontant les données avec les modèles connus des relations interspécifiques qu'on a détecté en fait un mécanisme de prédation. Cet article est aussi une illutration de notre coopération avec le secteur agronomique et en particluier avec l'INRA.

 

Fichier: 11-CS&al-RegulationParLesProtozoaires_1987

 

Pavé A. Knowledge Based Systems, Towards Applications to Natural Resources Management and Biotechnology, Univ. Gent and Francqui Foundation, Training Course, 1987-1988, revised 1992.

 

Ce fascicule constituait la base écrite d'un cours que j'ai donné à l'université de Gand et 1987-1988 à l'occasion d'une chaire de la Fondation Francqui. A cette époque, ce sujet était très novateur. A sa relecture, beaucoup des points exposés sont toujours d'actualité. Le contenu résultait de plusieurs années de travail dans le cadre d'une collaboration avec l'INRIA, notamment avec François Rechenmann. 

 

Pavé A. - Systèmes experts : application à la modélisation en biologie. Matapli, 11, 5-19, 1987.

 

Le principe de constitution d'une base de connaissance pour la modélisation en biologie et en écologie est présenté dans cette revue de mathématiques appliquées.

 

Fichier : 12-AP-SystemesExperts_Matapli-1987.

 

Pavé A. - Schémas fonctionnels et modélisation. Étude de modèles de la dynamique des populations. “ Biologie et Économie - Les apports de la modélisation ” , Ed. Demongeot J. et  Malgrange P., Série d'Econométrie Appliquée, collection de l'Institut de Mathématiques Economiques, Lib. de l'Université (Dijon), 223-250, 1988.ISBN 2-85975-033-9.

 

Une première synthèse de cet aspect de la modélisation mathématique.

 

Fichier : 13-AP-SchemFonctMod-1988

 

Comby S., Flandrois J.P., Pavé A. - Système expert d'aide à la validation des résultats de l'antibiogramme, étude de faisabilité sur l'exemple de Staphylococcus aureus. Pathologie-Biologie, 36, 5, 381-385, 1988.

 

Un exemple de système expert pour l'analyse biomédicale.

 

Fichier : 14-SC-JPF-AP-SystemeExpertD'aide_1988

 

Comby S., Carret G., Flandrois J.P., Pavé A., Pérouse de Montclos M. - Utilisation d'un système expert d'aide à la réalisation des examens cytobactériologiques urinaires. Ann. Biol. Clin., 46, 669-672, 1988.

 

Un autre exemple de système expert pour l'analyse biomédicale.

 

Fichier : 15-SC&al-UtilisationD'unSystemeExpertD'aide_1988

 

Pavé A. (Ed)- Les Cahiers d'Edora, INRIA, 1, 1988, 240p.

 

Depuis 1983 et sous l'initiative de l'INRIA, un groupe de chercheurs de divers instituts s'est réuni pour réfléchir à la modélisation dans les science de la vie. Ainsi donc cet ouvrage ne raconte pas les aventures d'une séduisante homo sapiens à travers son journal personnel, mais résume les travaux de ce groupe que j'ai eu le plaisir de présider et qui a concrétisé une collaboration efficace avec l'INRIA (EDORA : Equations Différentielles Ordinaires et Récurrentes Appliquées !). 

 

Fichier : 16-AP-Cahiers d'Edora-1988.

 

Lobry J.R., Flandrois J.P., Carret G., Pavé A. - Monod's bacterial growth model revisited. Bull. of Mathem. Biology, 44, 117-122, 1992.

 

Le modèle de Monod est l'un des plus connus de la communauté des sciences de la vie. Nous l'avons désossé et proposés d'autre approches et interprétations de ce modèle.

 

Fichier : 17-JL&al-Monod'sBacterialGrowthModelRevisited_1992



Gautier N. et Pavé A. - Object Centered Representation for Species Systematics and Indentification in Living Systems in Nature. Cabios, 6, 383-386, 1990.doi:10.1093/bioinformatics/6.4.383.

 

La systématique a constitué l'une des premières applications des systèmes à bases de connaissances. On trouve ici un exemple permettant d'expliquer la méthode.

 

Lien : http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/6/4/383

 

Gautier N., Pavé A., Rechenmann F. - Object centered representation and fish identification in Antarctica. In : Advances in Computer Methods for Systematics Biology (R. Fortuner Ed). The John Hopkins University Press, 1992, 181-196.

 

Fichier : 18-NG-AP-FR-OCR&Systematics-1992

 

Pavé A. - A.I. in Biotechnology and Natural Resources Management. Série de conférences dispensées dans le cadre de la Chaire Francqui à l'Université de Gand. 1988. (Liste des conférences : (1) Knowledge Based Systems and Reasoning Mechanisms, (2) Expert Systems - Intelligent Exploitation of Data Bases, (3) A.I. in Biotechnology, A.I. in Natural Resources Management). L'essentiel est présenté dans un fascicule tléléchargeable.

 

Le texte accompagnant cette série de conférences a été mis à jour en 1992. 

 

Fichier : 19-AP-KBS&applications-1992

 

Bousquet F., Cambier C., Mullon C., Morand P., Quensière J. and Pavé A. - Simulating the Interaction Between a Society and a Renewable Resource. Journal of Biological Systems. 1:2, 199-214, 1993.

 

L'un des premiers modèles élaboré avec une technologie multi-agent pour représenter et simuler des processus sociaux et économiques en interaction avec des processus bio-écologiques. Un concrétisation d'un travail interdisciplinaire.

 

Fichier : 24b-AP-1993-SimulResSoc-JBS-OK

 

Jollivet M. et Pavé A. - L'Environnement un champ de recherche en formation. Natures, Sciences, Sociétés, 1,1, 6-20, 1993.

 

       En 1990, la notion d’environnement n’était pas très bien définie scientifiquement et difficile à cerner comme objet de recherche. L’équipe du programme Environnement du CNRS, mise en place en 1990 a eu ce souci de mieux cerner le concept et de proposer des questions de recherches les plus pertinentes possibles et aussi de la façon de mettre en place une recherche interdisciplinaire nécessaire pour répondre à ces questions. C’est ce qu’expose cet article et l’on peut dire, 20 après, que ce que nous proposions est encore largement valable et a permis une programmation efficace de la recherche. Pour ma part, il s'agissait d'une nouvelle inflexion de a trajectoire.

 

Fichier : 21-MJ-AP-RechEnv-NSS-1993

 

Jollivet M. et Pavé A. - Environment: questions and prospect for research. Lettre du Programme Environnement du CNRS, n°6, 6-29, 1992.

 

Version en langue anglaise du précédent

 

Fichier : 21(1)-MJ-AP-The_Environment_question_and_prospect_for_research-1992

 

Pavé A., Jollivet M.  - About Nature Science and Society : the example of the Environment - a new deal for Scientists and Engineers. Proceedings of the International Symposium The Culture of Engineering in a Rapidly Changing World. University of California Berkeley, Conf. Grandes Ecoles et MIT. U.C. Berkeley, nov. 1993. 168-180.

 

Une extension de la réflexion aux aspects technologiques.

 

Fichier : 21(2)-AP-MJ-Berkeley-1993

 

Jollivet M. et Pavé A. - O meio ambiente : questões e perspectivas para a pesquisa. In « Gestão de recursos naturais renovaveis e desenvolvimiento », Ed. Freire Vieira P. e Weber J., Cortez, São Paulo, ISBN : 2852490633 ,1997, 53-112.

 

La traduction et une adaptation en portugais, édité au Brésil et ayant un bon succès.

 

Fichier : 22-MJ-AP-O_Meio_Ambiente-1997

 

Pavé A. - Les écosystèmes intertropicaux aux journées de Lyon organisées par le CNRS et l’ORSTOM. Le point de vue du Programme Environnement du CNRS. Bois et Forêts des Tropiques, 235, 5-8, 1993.

 

Un bilan de ce colloque ayant réuni la communauté de l'écologie tropicale. Depuis, des progrès déterminants ont été faits dans la connaissance de la dynamqiue des écosystèmes forestiers intertropicaux et de leur biodiversité, mais cet article a un intérêt au moins historique.

 

Fichier : 23-AP-EcosystemesIntertrop-BFT-1993

 

Pavé A. - Interpretation of population dynamics models by using schematic representations. Journal of Biological Systems. 1:3, 275-309, 1993.

 

Une synthèse globale de cette approche commencée au cours de la réalisation de ma thèse d'état. Elle est toujours d'actualité.

 

Fichier : 24-AP-1993-IntPopDynMod-JBS

 

Pavé A. Programme Environnement, Vie et Sociétés. Bilan 1994-1998.  Eléments de prospective. CNRS, Mai 1998, 40p.

 

       Ce rapport a plus qu’un intérêt historique car à la relecture certaines parties sont encore largement d’actualité.De ce fait, il montre les apports de ce programme aux recherches sur l’environnement et à la pratique de l’interdisciplinarité. Cette politique a été poursuivie par une nouvelle direction jusqu’en 2003, avec des innovations importantes comme l’invention des Zones Ateliers de recherche sur l’environnement. La suite des programmes de recherche sur l’environnement a abouti à la création d’un département puis d’un institut au CNRS. 

 

Fichier : 25-AP-ProgEnv->PEVS-1995

 

 Pavé A. - Modélisation des écosystèmes forestiers : enjeux, problèmes et approches. Revue d’écologie : La Terre et la Vie, 50:3, 193-197, 1995. ISSN : 0249-7395.

 

Fichier : 26-AP-ModelisationDesEcosystemes_1995.

 

Pavé A. et Gouzé J.L. - Les Cahiers d’Edora. INRIA, 2, 1994.

 

La deuxième et dernière livraison des travaux du club Edora de l'INRIA. Ces travaux ont eu de nombreuses incidences sur les recherches des chercheurs et laboratoires impliqués.

 

Fichier : 27-AP-JLG-Cahiers d'Edora II- 1995.

 

Pavé A. Environnement et développement : approches scientifiques, structuration du domaine et coévolution des recherches. Natures, Sciences, Sociétés, 5,1, 50-63, 1997.

 

Un article de synthèse sur la notion de développement durable et du champ de recherche correspondant.

 

Fichier : 28-AP-EDD-NSS-1997

 

Pavé A. Synthèse des travaux du Programme Environnement, Vie et Sociétés du CNRS. Éléments prospectifs. CNRS, Mai 1998, 50p.

 

Les apports du PiR-EVS ont marqué un progrès important, ce qui a été confirmé par la suite sous la direction de Christian Lévêque. En 2006 était créé un département Environnement et Développement au CNRS, et en 2010 (dir. Bernard Delay), l'Institut Écoligie-Environnement lui a succédé (dir. François Gaill). L'effort de 30 des programmes interdisciplinaires de recheche du CNRS sur l'Environnement a ainsi vu son aboutissement. Das cette méme période on a également vu un spectaculaire progression de la production scientifique de la communauté scientifique concernée.

 

Fichier : 29-AP-PIR-EVS-bilan-1994-1998.

 

Pavé A. Courtet C., Volatier J-L. Environnement : comment la communauté scientifique voit les problèmes. Courrier de l’Environnement, INRA, 34, 109-114, 1998

 

Présentation d'une analyse conduite auprès de la communauté internationale de recherche sur l'environnement. Une version résumée a été publiée dans "La Recherche".

 

Pavé A. Courtet C., Volatier J.L. - Environnement : Mille chercheurs hiérarchisent les urgences. La Recherche, 306, Février 1998.

 

Fichier version longue : 30-AP-CC-BV-Cour-Env-INRA-1998.



Lévêque C., Pavé A., Abbadie L., Weill A., Vivien F.-D. - Les zones ateliers, des dispositifs pour la recherche sur l'environnement et les anthroposystèmes. Natures, Sciences, Sociétés, 4, 44-55, 2000.

 

Les recherches sur l’environnement demandent à être organisées, au risque de se perdre dans une myriade de détails. De plus, la mise en place de dispositifs de terrains bien structurés, instrumentés et utilisable sur le long terme se sont avérés progressivement nécessaires. C’est ce que présente cet article. L’idée a eu l’air d’avoir un certain écho puisque la revue Nature l’a mentionné à l’époque (French environmental labs may get " big science " funds. - interview A. Pavé - Nature, 403, 2000, 822.) À l’époque je présidais le Comité Scientifique chargé d’évaluer les propositions. Christian Lévêque dirigeait le Programme Environnement, Vie et Sociétés (PEVS), à l’origine de l’idée et les autres auteurs étaient également impliqués dans la direction et l’animation scientifique de ce programme interdisciplinaire du CNRS. Avec du recul, on peut dire que cette initiative est une réussite. 

 

Fichier : 31-CL-AP&al-Z-NSS-2000

 

Pavé A. – Les recherches sur l’environnement en France. Rapport du Conseil supérieur de la recherche et de la technologie, 2001, 95-131.

 

Le système de recherche français sur l’environnement est analysé, ainsi que la façon de les organiser pour des approches interdisciplinaires. Des propositions concrètes sont faites pour rendre le dispositif plus efficace. Il est curieux que des années après, on «redécouvre la fil à couper le beurre» sans prendre en compte tout l’historique de ces recherche (exposé en partie dans ce rapport... public), leurs faiblesses, au risque de les reproduire indéfiniment, et leurs forces, dont on ne profite pas. Cette absence de mémorisation et de capitalisation d’un système de recherche mis face à une urgence permanente est tout simplement désolant et au bout du compte... coûteux.

 

Fichier : 32-AP-RechEnv-CSRT-12-2001.

 

Pavé A. Deux programmes de recherche sur l’environnement dans les années 1990-1998 : le programme Environnement, puis le programme Environnement, Vie et Sociétés. La Revue pour l’Histoire du CNRS. 4, 32-46, 2001.

 

Fichier : 33-AP-RevHistCNRS-2001.

 

Schmidt-Lainé Cl. et Pavé A. - Environnement : modélisation et modèles pour comprendre, agir et décider dans un contexte interdisciplinaire. Natures, Sciences, Sociétés : Sciences pour l’ingénierie de l’environnement 10 : s.1, 2002, 5-25.

 

La modélisation est une méthode efficace d’analyse d’un système et de prévision de ses comportements selon des hypothèses alternatives. Complètement intégrée dans les sciences physiques, elle est bien développée pour les systèmes technologiques, notamment dans le cadre du génie des procédés. Elle est aussi utilisée avec bonheur pour des systèmes plus complexes, ayant une dynamique propre, comme les systèmes biologiques et écologiques. plus généralement, les sciences de l’environnement y font de plus en plus appel. Par exemple, elle constitue un moyen important d’analyse des changements climatiques et un outil pour la prévision de leur importance selon des scénarios alternatifs. Cet article de synthèse montre aussi son intégration dans la démarche scientifique et dans les processus de décision. On notera que son utilisation est précieuse dans le dialogue interdisciplinaire indispensable à la plupart des recherches sur l’environnement.

 

Fichier : 34-CSL-AP-ModEnv-NSS2002.

 

Pavé A. et Laurent Cl. – Les Très Grands Équipements pour la recherche : vers une nouvelle définition des concepts et des moyens. Natures, Sciences, Sociétés, 10 :2,  2002, 80-92.

 

Les TGE sont des instruments ou des plateformes technologiques essentiels pour la recherche demandant des moyens importants. Ces moyens concernent des communautés de chercheurs, il sont donc mutualisés. Cet article fait le tour de la question et montre que si la physique a été pionnière en la matière, d’autres disciplines commencent à en ressentir le besoin et à en développer, notamment en biologie et en écologie. De même, il convient de réfléchir à la pertinence de ce concept pour des recherches interdisciplinaires, notamment sur l’environnement.

 

 Fichier : 35-AP-CL-NSS2002-TGE.

 

Pavé A., Hervé J.C. et Schmidt-Lainé Cl. – Mass extinctions, biodiversity explosions and ecological niches. C.R. Biologies, 325 : 7, 2002, 755-765.

 

Une incursion dans le passé, dans l’histoire de la vie grâce à Vincent Courtillot et Yves Gaudemer. Ces deux auteurs et collègues publient en 1995 un article dans Nature sur la modélisation de la dynamique de la biodiversité depuis le début du Cambrien utilisant un modèle que je connais bien: le modèle logistique. Je lis cet article dans l’avion entre Paris et Cayenne et je me dis qu’il me fournit un exemple de plus d’utilisation de ce modèle que je pourrais présenter à mes étudiants. Je ne savais pas que je m’engageais dans une aventure de plusieurs années et plus drastiquement une véritable inflexion dans ma trajectoire. Après un échange de lettre avec Vincent Courtillot m’encourageant à poursuivre, je reprends les données et avec deux collègues, nous complétons l’analyse avec nos techniques biométriques. Depuis, j’ai plongé dans l’évolution, dont il faut dire, à l’époque, je n’avais qu’une connaissance superficielle, pour me rendre compte de la profonde justesse de la déclaration de Theodosius Dobzhansky : « Rien ne prends sens en biologie, si ce n’est à la lumière de l’évolution».

 

Fichier : 36-AP-JCH-CSL-CRBio325-2002.

 

Pavé A. La modélisation en biologie et en sciences sociales : croisements créatifs. Séminaire national : « Environnement et développement : Quelles questions en sciences humaines et sociales ? » Ministère de la recherche, avril 2002.

 

Fichier : 37-AP-LaModelisationEnBiologie-MinRech-2002

 

Barbault R., Pavé A. Écologie des territoires et territoires de l’écologie. Caseau P. (Ed). Études sur l’environnement : du territoire au continent. Académie des Sciences, RST « Études sur l’environnement. De l’échelle du territoire à celle du continent » ISBN : 2-7430-0609-9, Tech&Doc, Lavoisier, 2003, 1-48.

Pavé A , Pumain D., Schmidt-Lainé C. Dynamique des territoires : les changements de couverture et d’utilisation des terres. Caseau P. (Ed). Académie des Sciences, RST « Études sur l’environnement. De l’échelle du territoire à celle du continent », ISBN : 2-7430-0609-9, Tech&Doc, 2003, 51-77.

 

Fichier commun pour ces deux chapitres : 38-AP@al-Etudes_sur_l'environnement_Chap1+2-2003



 

Pavé A. et Schmidt-Lainé Cl. - Integrative biology: modelling and simulation of the complexity of natural systems, Biology International, 44, 2003, 13-24.

 

Une incursion dans une lecture moderne de la biologie qui a été très utile par la suite.

 

Fichier : 39-AP-CSL-BioInter-2004.

 

Pavé A. La modélisation et la simulation des objets et processus complexes. Questions scientifiques, méthodologiques et éthiques. Natures, Sciences, Sociétés, 13, 2005, 169-171.

 

 Fichier : 40-AP-ModSimSysCpx-NSS-2005(1)

 

Pavé A. Les moyens lourds de la recherche : un exemple de « développement durable » pour la science. La revue pour l’histoire du CNRS, mai 2005.

 

 Fichier : 41-AP-TGE-RevHistCNRS-2005(2)

 

Pavé A. À propos de la conférence internationale « Biodiversité, Science et Gouvernance » : le point de vue d’un biométricien. Natures, Sciences, Sociétés, 13, 2005, 440-446.

 

Fichier : 42-AP-ConfBdV-NSS-2005(3)

 

Pavé A. Hierarchical Organization of Biological an Ecological Systems . In D. Pumain (ed) : Hierarchy in Natural and Social Sciences. Methodos series, Springer, 2006, 39-70.

 

Une présentation détaillée de l'organisation du monde vivant, de la cellule à l'écosystème, des processus d'émergence des niveaux et des relations entre les niveaux.

 

Fichier : 43-AP-ConfBdV-NSS-2005(3)

 

Pavé A. By way of introduction : Modelling Living Systems, their diversity and their complexity. Some Methodological and Theoretical Problems. C.R. Biologies, 329, 2006, 3-12. 

 

Fichier : 44-AP-ModLivSys-CRBio329-2006.

 

Pavé A. Necessity of chance: biological roulettes and biodiversity, C.R. Biologies, 330, 2007, 189-198.

 

La réflexion progresse couplant une lecture intégrée et historique de la biologie et de l’écologie, la mise en évidence du rôle du hasard et surtout des mécanismes qui l’engendrent permettant d’apporter quelques éléments à une théorie de la biodiversité. Deux versions plus développées est présentées dans deux ouvrages : «La nécessité du hasard» et «On the Origins and dynamics of Biodiversity: the Role of Chance».

 

Fichier : 45-AP-NoC-BioRou-CRBio330-2007.

 

Pavé A. Eau et Territoires : quelles priorités pour la recherche? Natures, Sciences, Sociétés, 15 :4,  2007, 424-426.

 

Fichier : 46-AP-Eau&Territoires-NSS2007

 

Pavé A., Quessette M-P (Ed.). Développer et préserver :    Technologies, Cultures, Environnement et Développement Durable. Actes du colloque de l’Académie des Technologies en Guyane, 29-31 octobre 2007, Rémire-Montjoly, Guyane, 2008, CNRS et Silvolab.

 

Ce colloque a marqué l'histoire du CNRS en Guyane et de son Programme Amazonie. On retiendra que plusieurs membres de l'Académie des Technologies, dont son Président, François Guinot, de la Gouvernance du CNRS, dont la Présidente Mme Catherine Bréchignac et le directeur du département EDD, Bernard Delay. Les texte produits sont à la mesure de la qualité des participants.

 

Fichier : 47-AP-MPQ- AcadTechno-En-Guyane-2007.

 

Schmidt-Lainé Cl. et Pavé A. La modélisation au coeur de la démarche scientifique et à la confluence des disciplines. Les cahiers du Musée des Confluences, 2008, 2, 21-34.

 

Une introduction à la pratique de l’interdisciplinarité grâce à la modélisation.

 

 Fichier : 48-CSL-AP-Modélisation-Confluences-2008.

 

Pavé A. La question de la biodiversité – 2010 année internationale de la biodiversité. Note de l’Académie des Technologies. Janvier 2010, 25p.

 

Une mise au point sur cette vaste question rédigée pour le ministère chargé de l’environnement.

 

Fichier : 49-AcadTechno-Biodiversité-AP-2010.

 

Lévêque C., Mounolou J.C., Pavé A., Schmidt-Lainé Cl. À propos des introductions d’espèces. Études rurales, 2010, 185 : 219-234.

 

Un article quelque peu iconoclaste par rapport aux discours ambiants, s’écartant des déclarations catastrophistes, s’éloignant de la vision mécaniste des écosystèmes, d’un cosmos bien organisé et huilé, montrant combien ces discours ont souvent une base idéologique. Nous proposons que les débats soient centrés sur une vision rénovée de la structure et de la dynamique des écosystèmes donnant toutes leurs places aux processus engendrant des aléas. Peut-être l’amorce d’une «révolution copernicienne» en écologie.

 

Fichier : 50-CL-JCM-AP-CSL-ETRU-2010

 

Pavé A. Les relations homme-nature. Perception, représentation et gestion de notre environnement. CESER - Rhône-Alpe. Texte de la conférence présentée le 21 juin 2011.

 

Ce texte illustre les arrières plans idéologiques et culturels, souvent inconscients, qui participent à l'élaboration de nos représentation de l'environnement et donc de la façon dont nous allons réagir à ses évolutions et à les gérer.

 

Fichier : 51-AP-CESER-2011_06_21 Actes

 

 

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Vous trouverez sur mon nouveau site Internet une présentation de mon parcours professionnel et quelques informations personnelles et ci-dessous mes principaux ouvrages. Des articles sont également téléchargeables (cf. fin de la page d'accueil et la page : choix de publications à télécharger), la plupart ont été publiés dans des revues, mais quelques récents, plutôt des articles d'opinion, sont accessibles aussi. Si vous vous en inspirez pour vos propres travaux, n'oubliez pas de les citez. Merci d'avance !