Tout d'abord, ce site web permet de publier des articles qui ne peuvent pas l'être dans un média classique principalement pour des raisons de format ou d'opportunité : une biographie présentant mon parcours professionnel, ensuite  une forme de réponse à une critique malveillante de mon dernier ouvrage sur la biodiversité et un texte de réflexion sur le rôle des académies en France.

Dans la colonne de droite on peut trouver les couverture des livres que j'ai écrits. Un autre intitulé "Petit manuel d'écologie positive" est en voie de publication,

Pour plus d'informations me concernant, consulter ma "Biographie sommaire":

L'article ci-dessous a été préparé en réponse à la critique de mon dernier livre parue dans Natures, Sciences, Sociétés. J'avais demandé un droit de réponse, la revue ne m'a pas répondu. Par ailleurs, plusieurs collègues et amls étaient réservés sur le principe même d'une réponse car le contenu malveillant et peu scientifique de cette critique ne la justifiait pas. Après réfexion, je le mets à disposition de mes lecteurs.

J'avais rédigé ce texte suite aux désillusions de membres de 3 académies dont les messages n'étaient pas ou que peu médiatisés. La médias offrent plus de places aux militants qu'aux spécialistes !

Ci-dessous, le ficher pdf de mon article sur l'Amazonie publié dans l'encyclopédie de l'environnement :

https://www.encyclopedie-environnement.org/

Une version en anglais est téléchargeable :

https://www.encyclopedie-environnement.org/en/life/amazonia-ecosystem-constant-evolution/

A propos de l'éducation et de la formation

La formation professionnelle fait l'objet de critiques récurrentes, pas toujours bien fondées. L'académie des technologies y a consacré du temps. Pour accompagner ces reflexions, j'ai esquissé une histoire de la question quii n'apas été publiée tant est que cette honorable académie a souvent tendance à rester dans l'immédiateté. Elle n'est pas la seule… Ce texte précise aussi les termes pas toujours bien utilisés dans les textes et discours habituels.

Penser un nouveau modèle économique

Le ”Libécratisme” en cause

Bien que certains économistes critiquent le modèle économique actuel et la mondialisation qui va avec, il n’y a pas de véritable réflexion collective, ni, bien entendu, de proposition pour le faire évoluer. 

Au niveau individuel, nous ressentons un fréquent malaise à constater l’accroissement des inégalités, un désagrément en entendant le discours récurrent sur « la dette », à la constatation d’un monde politique consciemment incapable de faire son métier, de faire face à ses responsabilités et, faute de quoi, servant des discours technocratiques, à  l’envahissement de nos médias publics par la publicité, à la logique gestionnaire et financière présidant de plus en plus au fonctionnement du secteur public, à nos banques plus au service de leurs actionnaires que de leurs clients, si ce n’est à ceux, bien que très minoritaires, adeptes de l’optimisation fiscale, terme politiquement correct pour fraude fiscale. Comment comprendre l’acceptation des sursalaires des uns et pas des autres ? On pourrait multiplier les exemples. Une petite  remarque au passage, les jeux sont ruineux collectivement, pourquoi acceptons nous les monstruosités financières de certains sports professionnels, les salaires tout aussi monstrueux de certains joueurs. Hélas ce n'est pas nouveau : à Rome certaines vedettes du cirque, gladiateurs et auriges pouvaient devenir très riches, mais il risquaient leurs vies. Heureusement ce n'est plus le cas !

Puisque nous sommes dans un débat national, pourquoi ne pas exposer des faits (pas faux !) et les questions qui en dérivent comme :

1- Comment éviter de ressortir des modèles dangereux ? Rappeler le drame de la collectivisation aveugle, du centralisme démocratique et du soviétisme, son effondrement et la triste suite, mais les régimes fascistes qui, eux, semblent revenir à la mode.

2- En revanche, l’acharnement contre les modèles régulés : ont-ils si mal marché ?

3- La lutte des classes est-elle encore d’actualité ?

4- La démission, voire la trahison, de la social démocratie : le social libéralisme effaçant progressivement le social.

5- La démission des politiques : on ne gouverne plus, on gère, on tâtonne, ou pire encore on fait un constat d’impuissance.

6- De quoi parle-t-on ? libéralisme, néolibéralisme, ultralibéralisme, libécratisme, mondialisation libécratique

7- L’hypocrite « naturalisation » du marché et de sa loi ou de ses « lois », un parfum délétère de darwinisme social

8- Les idées et amitiés perverses des libécrates adeptes d’une libécratie, leur tentation autoritaire et de donner force de loi à l’innovation technologique, bien que « tout ne soit pas bon dans le cochon » !

9- Pourquoi le Président de la République n’a-t-il pas mis le modèle économique actuel au centre du débat national ? Le marcronisme serait-il un libécratisme ? 

10- Pourquoi un seul modèle économique ? Comment intégrer une pensée écologique, elle-même à revoir ?

11- La confusion des échelles et niveaux d’organisation (comparaison imbécile et néanmoins fréquente entre le budget d’un ménage et celui d’un État !)

12- Et les modèles mathématiques de l’économie, d’où viennent-ils et que leur fait-ont dire ?

…

Sans doute les lectrices et lecteurs qui auront eu le courage de lire ce qui précède trouveront-elles et trouveront-ils d’autres questions.

Il faut au minimum revisiter et corriger beaucoup de biais exposés et ayant suggéré les questions, avec l’introduction de termes nouveaux : la libécratie et ses dérivés, au croisement entre libéralisme, technocratie et autoritarisme. Oui à un libéralisme maîtrisé, humaniste, au bénéfice de tous, non au laisser faire, non à ses perversions !

Pauline à la plage

Je m’écarte quelque peu de mes écrits habituels. En effet, je viens de revoir un film que j’aime bien et pour plusieurs raisons.

Tout d’abord, le cinéaste qui l’a réalisé, est à mon sens l’un des plus grands et des plus subtils de l’après-guerre. Eric Rohmer a su peindre avec délicatesse les sentiments humains, notamment celui qui ne cesse de nous émouvoir, de nous étonner : l’amour, qui engendre en tendre chaos, même si il est parfois un peu vif, mais toujours nouveau. Le film en question, plein de délicatesse, nous plonge dans cet ambiance ; je vous laisse le soin de le découvrir. 

Le 12 aout 2018

Petit songe philosophique d’une nuit d’été

Le Salut, qu’en est-il aujourd’hui ?

L’évolution de nos sociétés accorde de moins en moins d’importance aux religions. Cependant, la plupart des humains ne peuvent se contenter de réponses matérialistes à la question : que restera-il de moi après ma mort ? Et même : que pense-t-on de moi aujourd’hui ?

Organisme biologique, notre corps sera dégradé : « souviens-toi que tu es né poussière et que tu redeviendras poussière », cette phrase prononcée au cours d’un rite chrétien, le Mercredi des Cendres, traduit bien une vision matérialiste. Mais nos restes se réduisent-ils à ceux de notre structure organique ? Non bien sûr et c’est là que le débat se poursuit, et même commence, que reste-t-il alors ? 

En fait, le terme « Salut » résume le statut post mortem. De diverses façons les religions y apportent des réponses, les religions chrétiennes notamment avec le mirage du paradis (ou de l’enfer ou encore du purgatoire). 

Plus anciennement, alors qu'il est encore adolescent, Achille choisit une vie courte, mais glorieuse, plutôt qu'une existence longue mais sans éclat: « si je suis le plus grand des guerriers, dans mille ans, on se souviendra de moi ». Aussi alors que Thétis lui avait prédit qu’il ne reviendrait pas s’il partait combattre aux côtés des rois grecs à Troie, il appliqua le choix qu’il avait fait, il partit, il s’est battu avec éclat, en toute indépendance car il méprisait ces rois et principalement Agamemnon. Après la mort de son cher cousin, Patrocle, il sortit de sa tente et battit le héros troyen, fils de Priam, Hector. Mais il fut tué à son tour par une flèche tirée par Pâris et guidée par Apollon. Il ne revint donc pas.

Achille avait appliqué la devise : combattre avec courage et aimer avec ardeur, lui assurant le Salut, à savoir qu’on se souvienne très longtemps de lui et de ses exploits. Et l’on s’en souvient encore grâce à Homère et à tous ceux qui racontèrent cette extraordinaire épopée. Et ce n’est pas près de finir. 

En ce sens le Salut est le souvenir collectif que l’on garde d’un héros, de sa vie et de son œuvre. Les Dieux n’ont pas réservé une place dans un paradis, mais ils sont intervenus pour aider, ou non, le Héros ou l’Héroïne dans ses combats et ses amours, pour assurer son Salut. 

Un grand raccourci temporel nous ramène à notre époque. La pensée chrétienne, et plus généralement celles des religions monothéistes, nous assure que si notre vie a été vertueuse, nous accèderons au Paradis, à la Félicité. Le jugement permettant ou non cet accès est le fait de Dieu. Seulement, il y a de moins en moins de croyants et donc de gens convaincus par ce schéma. Donc pourquoi avoir une vie vertueuse, exemplaire ? Des penseurs, par exemple Luc Ferry, proposent que la philosophie conduise au Salut sans dieu. D’autres substituts existent, ainsi peut-on supposer que « sauver la planète », « préserver la biodiversité », etc., assureraient un Salut « écologique », l’écologie pallierait alors l’absence de religion ou prendrait alors une dimension mystique.

En effet, il faut bien admettre qu’un humain ne se résume pas à son métabolisme, à sa matérialité, mais que cette même matérialité engendre, par une chimie et une physique complexes, un supplément, ce qu’on appelait une âme. Peut-être que ce supplément, cette âme, serait le sentiment collectif qu’engendrerait une personne humaine lors de sa vie et après sa mort par le sentiment qu’elle procure et par le souvenir qu’elle laisserait à travers ses réalisations, les conséquences de ses actions, de ses affections, de ses amours, et de… son œuvre. On dit parfois qu’untel ou qu’unetelle a une âme, c’est sans doute en ce sens, au sens de la bonne impression qu’elle imprime de son vivant, du bon souvenir qu’elle laisse dans la mémoire collective après sa mort. Comme Achille elle reste dans la mémoire collective comme un héros ou une héroïne. Le juge ce sont les autres humains d’aujourd’hui et de demain qui pérennisent ou non sa mémoire. Jésus aurait été oublié sans ses compagnons, les évangélistes et ses apôtres. Son souvenir et son message ont été relayés, mais pas toujours fidèlement. Il en est sorti le meilleur, mais aussi souvent le pire. Mais, au bout du compte, on ne peut avoir qu’une grande sympathie pour le personnage. Son salut est assuré pour l’éternité. E = mc² permet de mieux comprendre notre univers, mais aussi de penser qu’une arme destructrice est possible, de la faire et de l’utiliser. Il n’en demeure pas moins que le Salut d’Albert est assuré sur le long terme, et même possiblement aussi pour l’éternité ! Il en est de même pour de grands savants, de grands écrivains, de grands artistes… A notre petite échelle, celle de nos modestes vies, nous pouvons nous assurer un modeste Salut, en nous forgeant cette âme, ce que d’autres appellent le Karma ! Ce désir me semblerait favorable à l’émergence (enfin) d’un monde de paix. 

Mise à jour : Le 16 juin 2018, j'ai corrigé et inséré le fichier en Anglais BITech&Bmim.pdf sur les technologies bioinspirées et le biomimétisme (cf. ci-dessous). Dans le texte de présentation, on trouve une définition du concept de sérendipité naturelle (natural serendipity) pour désigner les innovations évolutives dans les systèmes vivants

Les actes du colloque "Modélisation : succès et limites",  commun CNRS/Académie des technologies ont été édités et sont disponibles sous forme pdf :

_________________________

Du rififi à l’Académie,

Janvier 2018

Je reprends l’intitulé d’un chapitre de la thèse de Marc Pavé pour présenter un débat récent au sein de l’Académie d’agriculture. Dans la thèse de Marc il s’agissait d’une controverse à l’Académie des sciences entre Victor Coste et Claude Bernard, en 1863, à propos de la « méthode expérimentale » . Il y en eut d’autres aussi célèbres, par exemple Pasteur vs Pouchet (années 1850), Cuvier vs Etienne Geoffroy Saint-Hilaire (1830), etc.

Celle que je vais narrer ici est de bien moindre importance, mais je la connais parce qu’elle me concerne. Son cadre : l’Académie d’agriculture. Le point de départ est insignifiant. Il s’agissait de savoir quel statut donner à une note élaborée par un petit groupe de collègues de l’Académie des sciences, de l’Académie des technologies et de l’Académie d’agriculture à propos de l’utilisation de nouvelles biotechnologies. Forts de notre échec collectif à convaincre le public à propos des OGM, face à l’activisme des opposants, ce groupe souhaitait attirer l’attention sur ces progrès et tant que faire se peut faire savoir ce qu’en pensent les meilleurs spécialistes du sujet. Donc le débat concerne le statut à donner à ce texte et comment procéder. En fait, l’Académie des technologies a mis au point des procédures qui semblent efficace et l’idée me vient de les proposer à l’Académie d’agriculture pour inspirer consœurs et confrères de cette académie.

Par un heureux hasard, au même moment, pour des raisons indépendantes je lis un ouvrage intitulé : « l’héritage scientifique de Poincaré », où sa contribution à l’Affaire Dreyfus est mentionné. Le récit de cette contribution, en faveur de Dreyfus, va contribuer à clore cette affaire inique. En fait, il apparaît que la notoriété de Poincaré et de ses collègues Darboux et Appell, a au moins autant compté que l’expertise elle-même : la justice, les pouvoirs publics et une grande partie du public ont fait confiance aux savants, contre la croyance dans la culpabilité du capitaine Dreyfus. Je me suis alors permis une digression sur ce sujet : confiance versus croyance et de montrer en quoi une partie des positions de l’écologie politique et idéologique se fonde sur la croyance dans des messages bien peu scientifiques, et d’une méfiance, donc d’un manque de confiance, envers ceux des chercheurs. Pour les détails, on pourra trouver, d’ici quelques jours, la dernière version du texte écrit à cette occasion dans mon blog : alain-pave.fr

Les premiers retours assez nombreux sont positifs. Puis, suite à une critique assez vive d’un confrère, à laquelle je réponds en partie dans une deuxième version du texte, la polémique se déchaîne. Nouvelle critique du même confrère à la limite de l’invective et du dénigrement, s’en suit une suite de message allant dans le même sens… pour aboutir à de franches injures.

Injures et invectives n’étant pas de mon registre, je décide alors de cesser de débattre. Un dernier échange, privé, courtois et constructif a lieu avec le Président de l’Académie. J’en reste donc là.

Conclusion : les crieurs finissent par avoir raison. Et ne pas compter sur les soutiens de la première heure qui se font très discrets…

Mon prochain livre : « Le foot et l’escargot - La biodiversité trente ans après » fera sans doute quelques bruits et pas seulement à Landerneau. Ce livre n’a pourtant pas été écrit dans une optique polémique, il est démonstratif et constructif, appuyé sur une très large bibliographie et, n’en déplaise à mes détracteurs, sur une longue et, je pense, solide expérience personnelle. Mais certains y trouveront sans doute à redire.

Edition 27/11/2017 :

Deux textes (à télécharger) sur les technologies bioinspirées et le biomimétisme,, ayant servi de support à diverses conférences ces dernières années.

Un texte en français et l’autre en anglais (le second n’étant pas la traduction du premier !).

_________________________

10 août 2017 : une traduction en grec de mon livre "la nécessité du hasard" , Η ΑΝΑΓΚΑΙΟΤΗΤΑ ΤΟΥ ΤΥΧΑΙΟΥ, https://www.ianos.gr/i-anagkaiotita-tou-tixaiou-0279609.html.  J'y suis très sensible d'autant plus qu'il existe déjà une traduction en anglais : "On the Origin of Biodiversity: the role of chance" (Springer).

_________________________

13-15 juillet 2017 : La biodiversité, on est loin du compte - Des précisions sur le centre de Rovaltain - Comment Ariane 5 a pu poursuivre sa carrière avec succès

_________________________

_________________________

_________________________

Être ou ne pas être cité, est-ce une question ?

Il arrive régulièrement lors d’une lecture, ou en écoutant un exposé, qu’un fait, qu’une idée, que vous avez écrite ou exprimée, qu’une responsabilité que vous avez exercée, ne vous soit pas attribuée et plus généralement que vous ayez l’impression d’avoir été oublié ou oubliée. Le plus souvent, c’est parce que vous n’êtes pas le seul pouvant potentiellement être cité. Dans d’autres cas, les raisons sont plus difficiles à cerner. Ni ma carrière, ni ma modeste notoriété, ni même mon ego, n’ayant pas eu à en souffrir particulièrement je me suis régulièrement dispensé d’en faire état. Cela étant d’autres en ont peut-être souffert. 

En ce qui me concerne, je peux prendre quelque exemples:

1- Lors d’une conférence au CNRS, un orateur chargé de réfléchir à l’organisation de la recherche sur l’environnement par l’un des instituts de cette digne institution, a repris quasiment sans le citer un article que nous avions publié avec quelques collègues quelques années auparavant allant jusqu’à utiliser une illustration que j’avais faite pour cet article. Ma voisine, une collègue et amie, m’ alors glissé dans l’oreille quelque chose du genre : « il exagère, c’est ton schéma et il ne te cite même pas ! ». Nous nous sommes dispensés de relever le fait, ayant choisi d’en rire.  Référence :

• Lévêque C., Pavé A., Abbadie L., Weill A., Vivien F.-D. Les zones ateliers, des dispositifs pour la recherche sur l'environnement et les anthroposystèmes. Natures, Sciences, Sociétés, 4, 44-55, 2000.

2- Plus anciennement, à mes débuts, un collègue est venu me voir pour s’excuser car je n’étais pas remercié dans l’article qu’il venait de publier dans « Science », évoquant alors une erreur de l’éditeur. Article d’ailleurs dont j’aurais pu être co-signataire ainsi qu’un autre collègue qui y avait contribué de façon significative et peut-être plus que moi. En ce qui me concerne, l’erreur a été réparée quelques années plus tard en étant associé à l’article (qui dépasse à ce jour les 700 citations) :

• Grantham R., Gautier C., Mercier R. et Pavé A. Codon catalog usage and the genome hypothesis. Nucleic Acids Research, 8, 1980, 49-62.

Je n’en tire aucune acrimonie bien sûr.

3- Plus d’une fois, certaines et certains de mon laboratoire lyonnais omettent  le fait que j’ai dirigé ce laboratoire pendant 7 ans, en succédant à son créateur, Jean-Marie Legay et que ce laboratoire n’a pas eu à s’en plaindre. Etant alors responsable d’un programme de recherche interdisciplinaire au CNRS, il m’était difficile de garder cette direction pour des raisons de disponibilités mais aussi de possibilités de conflits d’intérêt. Ils ou elles oublient avec autant d’assiduité le rôle que j’ai pu jouer dans l’émergence de la bioinformatique !

4- A propos d’une « affaire récente de biopiraterie » J’ai noté que l’auteure d’une thèse en Guyane sur la chimie des substances naturelle, ingénieure de recherche au CNRS, a oublié de citer dans sa longue liste de remerciements:  (i) le programme Amazonie, qui a soutenu ses travaux, (ii) le fait qu’elle a été recrutée à mon initiative et à celle d’un collègue Paul Vigny, (iii) qu’elle a reçu la médaille de bronze de l’Académie d’Agriculture en partie grâce à mon soutien et à celui de Jean-Claude Mounolou. Cela étant, elle n’est pas la seule responsable, certains membres du jury, connaissant les faits auraient pu lui faire remarquer en temps voulu.

5- Il arrive souvent que mes travaux de modélisation, sur des points originaux, ne soient pas mentionnés. Néanmoins mon ouvrage: 

• Modélisation en biologie et en écologie. Aléas, Lyon, 1994, 560p.

est bien cité (plus de 100 fois).

Je me permets d’encourager les lecteurs de consulter l’édition bilingue, corrigée et augmentée :

• Modélisation des systèmes vivants : de la cellule à l’écosystème. Hermès/Lavoisier, Paris, 2012.
• Modeling living systems, from cell to ecosystem. ISTE/Wiley, London, 2012.

6- En revanche, on peut avoir d'autres bonnes surprises, comme celle que j’ai eue à la fin de l’exposé d’un chercheur de l’Irstea du centre de Grenoble, qui a cité l’article écrit avec Claudine Schmidt-Lainé:

• Schmidt-Lainé Cl. et Pavé A. - Environnement : modélisation et modèles pour comprendre, agir et décider dans un contexte interdisciplinaire. Natures, Sciences, Sociétés : Sciences pour l’ingénierie de l’environnement 10 : s.1, 2002, 5-25.

Et aux applaudissements qui suivirent de la part de consoeurs et de confrères de l’Académie des technologies, présent(e)s à cette réunion.

Nous avons commis tous les deux quelques autres articles  « bien balancés ».

7- Le nombre de citations du chapitre : 

• Jollivet M. et Pavé A. O meio ambiente : questões e perspectivas para a pesquisa. In « Gestão de recursos naturais renovaveis e desenvolvimento », Ed. Freire Vieira P. e Weber J., Cortez, São Paulo, 1997, 53-112.

Fait partie aussi des bonnes surprises. Comme quoi, on peut publier dans d’autres langues que l’anglais et être bien cité (97 citations à ce jour).

En conclusion, à part quelques loupés et si parfois on peut-être froissés pas certains oublis, dont on peut penser qu’ils ne sont pas involontaires, il faut plutôt en rire, surtout dans ce dernier cas ! Il faut aussi être persuadé que ce n’est pas un nombre de citations, suite à l’accumulation d’articles, plus ou moins insignifiants, qui font votre notoriété sauf pour les insignifiant qui ne pensent qu’en ces termes. Il est cependant agréable d’être raisonnablement cité.

PS. Le nombre de citations est tiré de Google Scholar (accessible à toutes et tous) :

https://scholar.google.fr/citations?user=4m0pbk8AAAAJ&hl=fr

Jeudi 3 décembre 2015, 18h

 

 

Une conférence d'Alain Pavé

De la cellule à l’écosystème, le hasard est omniprésent. Mais d’où vient-il? Quels sont les processus susceptibles de l’engendrer? Est-il nécessaire à la vie et à son évolution? Sommes-nous condamnés à faire avec ou pourrions-nous y trouver des opportunités pour mieux comprendre et mieux faire? Réflexion sur l’inattendu, l’imprévisible et l’incertain, autant de mots qui troublent, à priori, notre entendement.

 

Les liens, ci-dessous, permettent d'accéder à l'interview qui a été faite avant la conférence et à la conférence elle-même :

 

http://tv.uqam.ca/entrevue-t-on-besoin-hasard-pour-evoluer?cat=44

 

http://tv.uqam.ca/conference-t-on-besoin-hasard-pour-evoluer

 

Comme il s'agissait d'une conférence "Grand public" je n'ai pas cité beaucoup de références pour ne pas alourdir la présentation. Vous trouverez, ci-après, les références utiles ainsi que le pdf de la conférence (la deuxième partie "culture générale sur le hasard" a été résumée et a surtout fait l'objet d'une partie importante du débat).

 

Par ailleurs, j'ai rencontré des professeurs, des chercheurs et des doctorants de l'Institut des Sciences de l'environnement et eu des discussions très intéressantes. Marc Lucotte, Professeur à l'UQAM, très connu en France, Docteur Honoris Causa de l'Université Paul Sabatier à Toulouse, longtemps membre du Conseil scientifique du CNRS, un grand connaisseur de l'Amazonie, m'a superbement accueilli. Il est pour beaucoup dans le succès de l'ISE. Le directeur de cet institut était d'ailleurs présent à la COP 21, j'ai pu le rencontrer juste avant son départ pour Paris.

 

J'ai aussi revu Denis Barabé, écologue et botaniste qui m'a fait visiter le splendide jardin Botanique de Montréal. Nous nous sommes connus en Guyane !

 

Enfin, j'ai présenté la contribution de l'Académie des technologie à la COP 21.

 

Bibliographie :

 

Charles Darwin. De l’origine des espèces (Ed. 1862, traduction E. Barbier), chapitre V. Les lois de la variation.

 

Gregor Mendel G. Versuche über Pflanzen Hybriden. Im Verlag des Vereines, Brünn, 1866, 47p.

 

Guillaume Lecointre, Muriel Gargaud, Marc Lachièze-Rey, Guiseppe Longo et Alain Pavé, Changement, transformation, évolution, historicité. In « Evolution, des galaxies aux sociétés, objets et concepts », Dir. Muriel Gargaud et Guillaume Lecointre, Ed. Matériologiques, Paris, 2015, pp. 23-40.

 

 http://www.theguardian.com/society/2015/jan/18/scientists-wrong-luck-cancer-genes-alice-roberts

 

Tomasetti C. & Vogenstein B. Variations in cancer risk among tissues can be explained by the number of stem cell divisions. Science, 2015, 347, 78-81.

 

Fowler RG, Schaaper RM. The role of the mutT gene of Escherichia coli in maintaining replication fidelity. FEMS Microbiol Rev. 1997 Aug;21(1):43-54.

 

Notons que le prix Nobel de chimie a été décerné cette année 2015 à trois chercheurs qui se sont illustrés dans l’étude des processus de réparation de l’ADN : Thomas Lindahl, Paul Modrich et Aziz Sancar.

 

https://lejournal.cnrs.fr/articles/une-approche-darwinienne-du-cancer

 

https://lejournal.cnrs.fr/articles/la-medecine-darwinienne-un-autre-regard-sur-la-sante

 

Luc Perino, Darwin viendra-t-il ? Éditions Le Pommier, Paris, 2008.

 

Radman M. SOS repair hypothesis: phenomenology of an inducible DNA repair which is accompanied by mutagenesis. Basic Life Sci 5A: 355-67, 1975.

 

Matic I, Rayssiguier C, Radman M. Interspecies gene exchange in bacteria: The role of SOS and mismatch repair Systems in evolution of species. Cell 80: 507-15, 1995.

 

Giraud A, Matic I, Tenaillon O, Clara A, Radman M, Fons M, Taddei F. Costs and benefits of high mutation rates: adaptive evolution of bacteria in the mouse Gut. Science 291: 2606-8, 2001.

 

Gandrillon O., Kolesnik-Antoine D., Kupiec J.J., Chance at the heart of the cell. Progress in Biophysics and Molecular Biology. 2012

 

http://www.larecherche.fr/savoirs/dossier/4-jean-jacques-kupiec-nos-cellules-sont-soumises-a-selection-01-10-2009-88531

 

J’ai utilisé cette image de roulete biologique dans l’article :

 

Necessity of chance: biological roulettes and biodiversity, C.R. Biologies, 330, 2007, 189-198, cité d’ailleurs par Alice Roberts.

 

Chicurel M. Can organisms speed their own evolution? Science, 2001, 292, 1824-1827.

 

Masatoshi Nei. Mutation-Driven Evolution. Oxford University Press, Oxford, 2013.

 

Strzałko J., Grabski J.,  Stefański A., Perlikowski P., Kapitaniak T. Dynamics of coin tossing is predictable. Physics reports, 2008, 469, 59-92.

 

El Albani A. et al. 2010. Large colonial organisms with coordinated growth in oxygenated environments 2.1 Gyr. Nature 466, 100-104.

 

Pavé A., Hervé J.C. et Schmidt-Lainé Cl. Mass extinctions, biodiversity explosions and ecological niches. C.R. Biologies, 325 : 7, 2002, 755-765.

 

Pavé A. Modélisation des systèmes vivants, de la cellule à l’écosystème. Hermes/Lavoisier, Paris, 2012.

 

Pavé A. (2007) La nécessité du hasard – Vers une théorie générale de la biodiversité. EDP Sciences, Les Ulis

 

Pavé A., Fornet G. (2010) Amazonie, une aventure scientifique et humaine du CNRS. Galaade, Paris

 

Pavé A. Les cailloux du petit Poucet. Du Laboratoire à l’Amazonie, à propos du vivant et des sciences qui en parlent. EDP Sciences , Les Ulis, 2015

 

Et d'autres de mes ouvrages bien sûr !

 

Philosophie, économie, climat et… citrons « bio »

La base de la pédagogie est la répétition se plaisait à dire mon père, instituteur, l’un des ces « hussards noirs » de la République, à condition bien sûr que la répétition ne soit pas « mot à mot », mais change un peu d’angle, de point de vue. L’exemple est aussi efficace pour illustrer des exposés parfois un peu théoriques, sans oublier que souvent ce sont des exemples accumulés qui permettent de construire un exposé théorique… C’est le sens de ce que j’écris aujourd’hui, une illustration de mon précédent article, ci-après, et quelque part un complément.

Le 16 septembre 2015, près quelques jours passés dans la capitale, à l’Académie des technologies, pour discuter de la contribution de cette académie à la COP21, je constate que même si mon réfrigérateur n’est pas vide, je n’ai plus de salade. Or, c’est une de mes faiblesses, j’aime bien manger quelques feuilles, soigneusement assaisonnées, à chaque repas. Salade, « fruit » d’une bienveillante photosynthèse un vrai produit vert, au moins en couleur. Donc, rentré tard la veille au soir, je me décide à aller dans un « petit super » marché près de mon domicile. Au passage, je vous confie un autre secret : je n’ai presque jamais fait de liste de courses, faisant confiance à ma mémoire et à l’inspiration du moment, si bien que chemin faisant, je prends un petit sachet contenant des citrons jaunes, dont le jus entre dans la recette de ma sauce magique, et cela dans le rayon « bio » du magasin. Puis, chariot suffisamment rempli, je passe à une caisse, non automatique, alors la caissière remarque qu’un citron du sachet est gâté et me propose d’aller rapidement chercher un autre sachet. Comme il y a peu de client, un échange rapide a lieu entre nous, elle acquiesce quand j’avoue que le bio n’assure pas que le produit acquis soit réellement bon à consommer et que nous sommes influencés par les idées, sinon l’idéologie ambiante : ce qui est « naturel » ou s’en revendique est considéré de facto comme bon. De fait, j’ai inconsciemment choisi ce produit bio et je me demande si les microorganismes responsables de ce pourrissement sont moins inoffensifs que quelques produits de conservation protégeant les fruits des agressions microbiennes. Par exemple, l’aflatoxine, hautement cancérigène et totalement bio, a fait des dégâts sévères et pourtant on pourrait qualifier aussi de bio les cacahuètes sur lesquels se développent les moisissures produisant ce type de toxine ! Je me suis souvent fait cette remarque, on trouve dans la nature beaucoup de produits néfastes : la biodiversité ou le bio ne sont pas forcément bons pour nous. En revanche, il ne s’agit pas, par un rapide renversement, de devenir « anti-nature » ou « anti-bio », mais d’être plus circonspect. Au passage, on peut s’étonner que les anti-OGM, soient aussi les défenseurs du bio : les OGM ne sont-ils pas aussi du bio ? De fait, les OGM sont a priori considérés comme mauvais. Sans autre procès. 

En tout cas le bio se vend bien et pourquoi pas ? Faisons un détour par l'économie : l’un des principes de cette discipline est que les acteurs économiques, vous ou moi, M. Boloré ou Arnault, les Pieds-Nickelés sont « rationnels » et agissent en fonction de leur intérêt économique en optimisant (maximisant) leur profit ; alors pourquoi acheter du bio plus cher que le non-bio : parce que c’est meilleur, plus sain ou du moins le croyons-nous ? Les déterminants de nos choix sont en fait multiples et dans une même situation, ils varient d’un individu à l’autre. Même à travers cet exemple simple, on voit que ce n’est pas…. si simple. Prenons un autre exemple, actuellement on essaie de faire que les acteurs économiques contribuent à atténuer les changements climatiques. Il en a été question lors du séminaire mentionné ci-dessus. Marion Guillou et moi-même étions chargés de la coordination, nous avons donc suivi avec attention les débats, après avoir passé beaucoup de temps sur les documents préparatoires. Tout s’est bien passé, pas de réaction hystérique comme on le voit parfois dans certains cercles. Cela étant j’ai retenu quelques réflexions significatives. Lors de la discussion après un exposé pertinent sur la géoingénierie, très réservé sur sa mise en œuvre, un collègue philosophe a posé la question : pourquoi croire plus dans les outils économiques que dans ces technologies potentielles, même si ces dernières paraissent aujourd’hui très risquées ou impossible à mettre en œuvre ? Ce qui paraît pertinent aujourd’hui ne le sera peut-être pas dans 30 ans et inversement. Est-ce en attribuant un prix au carbone qu’on va inciter à une moins grande consommation de combustibles fossiles sur une période longue ? Tout le monde semble y croire, les économistes en premier qui, introduisant leurs croyances (hypothèses) dans leurs modèles, les retrouvent en sortie, confortant leurs croyances.

Le langage est lui aussi significatif. Ainsi et sur un plan parallèle, pourquoi, à la radio, nous parle-t-on plusieurs fois par jour de la bourse : combien d’auditeurs ont-ils les moyens de s’y intéresser ? Pourquoi nous parle-t-on d’investisseurs alors qu’il ne s’agit que de spéculateurs qui n’agissent que dans des intérêts purement financiers, le leur ou de ceux qu’ils représentent ? Pourquoi nous-parle-t-on d’un équilibre, purement fictif ? L’économie apparait de plus en plus comme une science fragile, qui ne veut pas le reconnaître, dont on peut penser quelle agit comme un alibi à une idéologie dominante. Les politiques sont grandement fautifs en continuant à penser que le marché dérégulé va contribuer à structurer la société pour le bien commun, contre toute évidence et pour se défausser de leurs responsabilités. Oui la finance va contre cet intérêt commun. Oui la finance déstructure nos entreprises et crée le chômage. Oui la finance avec l’augmentation des inégalités nous conduit à la catastrophe. Oui la finance n’a rien à faire du climat et de son évolution, elle ne pense même pas que le changement est là et qu’au delà des discours catastrophistes, il peut y avoir des opportunités. Il est temps que les politiques reprennent pied, ils sont redevables face à ceux qui les ont élus et, plus que tout, aux générations futures. Mais ils croient encore aux idoles actuelles de l’ultralibéralisme et à une vision gestionnaire dégradée de la fonction politique. Faut-il en changer ? Faut-il les changer ? Peut-être mais surtout pas pour des marchands d’illusions qui seront et feront encore pire.

Dernièrement, comme je l’ai déjà signalé, je me suis replongé dans le petit livre intitulé : Science et religion de Bertrand Russell.  Mais allez-vous dire pourquoi nous parle-t-il de philosophie après des citrons bio, de l’économie, du climat et de politique ? Tout d’abord, une deuxième lecture des années après la première n’était pas inutile, d’autant plus que j’étais loin d’avoir compris ce texte qui me paraît maintenant très accessible. Extrayons-en deux points supplémentaires à ceux que j’ai déjà mentionnés, celui qui parle de déterminisme et l’autre de panthéisme. Même si ce n’est pas explicité, on comprend bien qu’il faille, encore une fois, ne pas confondre déterminisme avec prédictible : un phénomène, un système, peut être déterministe et être imprédictible. C’est un point sur lequel j’ai déjà insisté à de multiples reprises. On sait que la météo n’est prédictible que dans un horizon temporel limité, quoiqu’on fasse, sauf de sortir des évidences ou des banalités dignes de l’Almanach Vermot. La croyance dans le déterminisme d’une décision économique est illusoire sauf de réguler, de contraindre fortement le sacro-saint marché, par exemple par la loi : réprimer des actions néfastes. C’est ce que les ingénieurs ont compris depuis longtemps en régulant les systèmes techniques qu’ils conçoivent : les lois de la physique ou de la chimie, pas plus que celles de la biologie, pourtant dûment testées et vérifiées, ne suffisent à assurer un fonctionnement autonome satisfaisant, au risque même d’accidents graves. Pour cela ils ont inventé des systèmes de contraintes. N’y a-t-il pas illusion à croire qu’on peut laisser impunément les marchés financiers marcher sans contraintes précises et fortes, plus généralement comment peut-on laisser impunément la machine économique à sa propre dynamique tout en lui laissant le maximum d’espace de liberté ? Les défenseurs du marché autonome prennent comme exemple les « lois » de la nature issus de l’évolution biologique : auto-organisation et émergence spontanée de régulations. C’est ignorer qu’il a fallu près de 4 milliards d’année pour en arriver là et que les processus en cause sont très aléatoires : pour cela il faut explorer un énorme champ de possibles et faire face à des perturbations elles aussi aléatoires. L’exploration au hasard et la sélection tout aussi  aléatoire sur le long terme ont permis une telle issue, sans oublier qu’il n’y avait pas de but, pas d’acteur suprême pour guider cette évolution. Au passage, on peut remarquer qu’il existe aussi une émergence d’auto-désorganisation efficace face aux aléas environnementaux. Ce n’est sur aucun plan analogue à l’économie, y faire référence relève de la confusion intellectuelle ou de l’escroquerie.

Par ailleurs toujours à propos de ce livre de Bertrand Russel, à l’occasion d’une critique d’une série d’émissions de la BBC dans les années 1930 où des grands penseurs britanniques, dont des scientifiques (notamment le physiologiste J.S. Haldane, père du généticien et biométricien J.B.S. Haldane) présentent leurs idées sur précisément science et religion, l’auteur montre que certains non croyants, dont J.S. Haldane, ont en fait une position panthéiste, à savoir et en simplifiant outrageusement que « Dieu n’est pas un être au sens commun, mais la réunion de la nature, voire du cosmos, et des humains ». On retrouve le concept de cosmos de Parménide puis celui de système d'Aristote, et peut-être aussi la position de Spinoza (dont on peut discuter, si j’ai bien compris, s’il était athée ou panthéiste). Quand on analyse aujourd’hui l’écologie idéologique et politique, on peut penser, dans ses formes radicales, mais pas exclusivement, qu’elle relève d’un panthéisme affirmé (c’est très net de la part de Lovelock dans son utilisation du symbole de Gaia). Les discours sur le climat et la biodiversité en sont imprégnés, même ceux des politiques. La nature est divinisée et la biodiversité sanctifiée : l’imprégnation religieuse semble globalement très forte. Pour s’en convaincre on peut, par exemple, lire la présentation élégante de la loi sur la biodiversité de Mme la ministre S. Royal devant l’Assemblée Nationale. En fait, il m’a fallu des années pour détecter cette dimension religieuse dans l’écologie tant je pensais qu’étant une discipline scientifique ou son prolongement, elle n’avait pas lieu d’être. Hé bien si, elle est et même fortement. Qu’on me comprenne bien, je l’ai déjà dit et écrit, je respecte totalement les pensées religieuses. J’y trouve des inspirations, même si je ne pratique pas, mais je pense que ce qu’il faut éviter, c’est le mélange des genres, en particulier annoncer comme résultat scientifique ce qui est un dogme, ou oblitérer toute autre pensée « hérétique » qui pose autrement les problèmes. Ainsi, il est dogmatique de dire que retirer une espèce mineure d’un grand écosystème risque de le « déséquilibrer » et peut conduire à l’effondrement de cet écosystème. Il est aussi dogmatique de dire que la nature est bonne en soi et que le climat est régulé : la régulation suppose un acteur qui définit les termes de la régulation et les processus impliqués : serait-ce Dieu ? En revanche, on peut souhaiter que le climat ne s’écarte pas trop, en moyenne, d’un état donné, par exemple l’actuel, et mettre en œuvre les mesures qui le permettent. Là l’acteur climatique est l’Homme qui cherche à agir sur ce climat. Mais, étant donné la complexité du système global, est-ce un simple outil économique qui va résoudre le problème ? Certainement pas. Il ne faut cependant, être trop moqueur, la planète mérite bien une messe, comme la COP21.

Les scientifiques et ingénieurs (peu consultés sauf ceux du climat) continuent à se mettre en ordre de bataille, c’était le sens du séminaire de l’Académie des technologies des 14 et 15 septembre, préparé par plusieurs mois de réflexion. Nous nous sentons impliqués, mais les politiques nous préfèrent souvent les actrices, acteurs, journalistes, etc. Que ces derniers s'engagent, c'est honorable, qu'ils occupent la scène, c'est bien, c'est leur métiers, mais que les scientifiques soient éclipsés, c'est... moins bien, même si les éclipses soient le fait des astres, des... stars.

Enfin, il est important de limiter et même d’éviter les discours catastrophistes, apanage des prédicateurs qui, dans leurs discours apocalyptiques, agitent les passions tristes, bases de leur pouvoir, comme ce que font les despotes, mais qui « fatiguent » les « foules » comme le montre une enquête sociologique internationale publiée le 28/09/2015, dans Nature Climate Change :

« Cette enquête, menée sur un échantillon de 6196 personnes dans 24 pays, suggère que la meilleure manière d'induire une prise de conscience sociale du changement climatique serait de changer notre manière de l'aborder.

Il vaut mieux éviter les discours alarmistes et parler des bénéfices que nous pourrions tirer demain des actions concrètes menées en faveur du climat avec une vraie politique de prévention du changement climatique et de réductions des gaz à effet de serre. »

http://www.nature.com/nclimate/journal/vaop/ncurrent/full/nclimate2814.html

Et le résumé paru sur le site de « La tête au carré » de France Inter.

Du citron bio au panthéisme, en passant par le climat et l’économie, un chemin bizarre, étonnant non ?!?

Le 17/09/2015

<< Nouvelle zone de texte >>

ÉCONOMIE ET ÉCOLOGIE

La grande confusion entre scientifique, politique et religieux à notre détriment à toutes et tous !

Dans « La course de la gazelle », puis dans « Les cailloux du petit Poucet », j’ai tenté, comme d’autre l’ont fait avant moi, de souligner quelques pièges dans la réflexion humaine et les comportements qui en découlent, celui de la confusion entre les genres. J’insistais notamment de celle entre la religion et la science, apanage des créationnistes dont il a été question, il y a quelques années. Aujourd’hui, en train d’écrire un nouveau livre, à lire, à écouter, à voir, à observer ce qui se passe autour de moi, il me semble que deux grands domaines sont en plein dans cette confusion. Pire, ce à quoi j’ai consacré une grande partie de ma vie scientifique, que j’ai essayé de bien définir et qui, au delà des cas spécifiques, m’a permis de mieux comprendre le monde vivant grâce à ces petits cailloux qu’ont été les modèles, hé bien cette modélisation est aussi le moyen de dérouler des logiques dogmatiques se parant de la noble écriture des mathématiques.

L’Église a (re)découvert, grâce à Saint Thomas d’Aquin au XIIIe, l’œuvre et la logique d’Aristote et l’a fait fructifier à son bénéfice : utiliser une logique, empiriquement façonnée et mieux formalisée, par précisément Aristote, pour dérouler des raisonnements, en tirer des conclusions allant dans le sens du pouvoir qu’elle voulait asseoir sur les sociétés humaines de l’occident chrétien. C’était ignorer qu’on peut dérouler un raisonnement « logique » à partir d’une axiomatique purement arbitraire et de ce fait convaincre et vaincre, sans pour autant mettre les résultats à l’épreuve du réel. La puissance de cette logique a d’ailleurs occulté que cet immense personnage a manqué par ailleurs, par exemple une description pour le moins sommaire du monde vivant, des énoncés non prouvés et non vérifiés, comme ceux sur la chute des corps. En revanche, la notion de système, reprise de Parménide par Aristote, est toujours d’actualité, même s’il faut bien en cerner l’intérêt et les limites. Dans la méthode aristotélicienne, la logique du raisonnement est centrale et domine tout. Toute connaissance est dans les livres déroulant les raisonnements, il n’est nul besoin d’observer, d’interpréter, ni d’expérimenter et encore moins de confronter les conclusions avec les événements du monde réel. Qu’Aristote ait proposé cette méthode et ses principes est une chose, mais que pendant environ 2000 ans on n’ait jamais, à quelques exceptions près, remis en cause cette façon de procéder, de disserter sur le monde et de s’en servir pour intervenir a quelque chose de troublant, après l’aube rayonnante de la philosophie grecque. Il est aussi étonnant qu’en même temps les technologies évoluaient, on construisait de cathédrales d’une architecture ambitieuse sans questionnement scientifique sur la mécanique de la chose, encore que quelques effondrements de voûtes aient quand même interpellé architectes et bâtisseurs pour introduire une approche géométrique et même expérimentale via des maquettes. Il n’en demeure pas moins que la médecine de Galien a fait un nombre considérable de victimes, que les inquisiteurs de tous poils ont fait torturer et exécuter beaucoup d’hérétiques et autres sorcières, le pire souvent pour leur bien à savoir la salut de leurs âmes, sans insister sur les reliques guérisseuses de certaines saintes et saints ! Il a fallu du temps et  beaucoup d’opiniâtreté pour refouler ces croyances, changer ces pratiques et développer une véritable méthode scientifique, pratiquement jusqu’à la révolution copernicienne et à Galilée.

Mais alors me direz-vous pourquoi ce bref historique ? Tout d’abord pour conseiller la lecture de l’ouvrage de Bertrand Russell : Science et religion[1]. Ensuite parce que la question peut encore se poser dans deux domaines : l’écologie et l’économie où la croyance et le discours dogmatiques ne sont pas absents et peuvent être vus comme ayant valeur de preuves. De plus, à mon grand désarroi, les modèles sont des vecteurs de ces nouveaux discours dogmatiques, alors que précisément les « bonnes pratiques » de ces objets et de cette méthode devraient l'éviter avec le nécessaire recours à la réalité pour la construction, la validation et l’utilisation des modèles.

Puisqu’il est question de modélisation, nous pouvons penser aux mathématiques. Certains pourraient dire que précisément c’est le domaine par excellence du champ autonome, qui pourrait être considéré comme le parangon du dogmatisme : les résultats, à savoir les théorèmes, sont déduits à partir d’axiomes en appliquant des règles logiques et des transformations rigoureuses, indépendamment d’une interprétation  quelconque dans le monde réel. On peut rétorquer deux choses, d’abord que cette discipline s’est développée pendant longtemps et, encore beaucoup, pour résoudre des problèmes de ce monde, ensuite qu’elle n’a aucune prétention à dicter le comportement des objets de ce monde, notamment celui des humains, tout au plus d’en représenter quelques uns. Dans ce cas, l’objet mathématique est un modèle et doit être manipulé avec précaution en vérifiant le degré d’adéquation avec ce qu’il est censé représenter. Sans plus, sauf de se livrer à des jeux intellectuels, au demeurant très intéressants, par exemple pour se donner des idées, ils n’ont aucune prétention à dicter les comportements ou des actions, sans autres minutieuses vérifications et développements.

Revenons à nos préoccupations, ce qui unit économie et écologie, c’est d’abord le préfixe « éco », du grec oïkos « maison » : économie vient du latin oeconomia, du grec oikonomia, l’art de bien administrer une maison[2], de gérer les biens d'un particulier ou par extension des biens communs, puis ce qui concerne l’ensemble des activité humaines donnant lieu à des échanges de biens. Ensuite, c’est que ces deux domaines revendiquent un statut scientifique et ont des facettes politiques (écologie politique, économie politique), domaines de la réflexion et de l’action. Ces deux disciplines sont aussi des grandes utilisatrices de modèles mathématiques. Elles s’intéressent à des « systèmes complexes », sans en prendre forcément la mesure, notamment dans la modestie que nécessite l’approche de ces systèmes, modestie qui manque à beaucoup d’écologistes et encore plus d’économistes voire de politiques [3]. Enfin et c’est moins compris, elles délivrent parfois des discours dogmatiques : partant d’une idée a priori, elles déroulent un raisonnement qui fait penser à ceux de l’église, on fait fi des faits et des données pour aboutir à des conclusions donnant lieu à des prescriptions dans lesquelles on s’enferme, on s’enferre, on impose. Le plus grave est que les mathématiques servent à dérouler ces discours, elles sont bien adaptées à la formalisation de ce type d’approche, et leur rigueur donne une illusion de certitude : « c’est vrai parce que c’est mathématique ». Encore une fois cette démarche est scientifiquement efficace si le recours aux données, issues de l’observation ou de l’expérience, est systématique. Parmi les a priori dans les deux domaines : la croyance dans un état d’équilibre vers lequel un système économique ou écologique est censé aller spontanément. Par exemple, il est étonnant d’entendre les commentateurs de la Bourse annoncer que les cours sont proches de l’équilibre… état que la simple consultation des variations quotidiennes montre qu’il n’existe pas et si l’on réfléchit un peu, si l’on a un brin de culture scientifique, qu’il ne peut pas exister et qu’on peut quand même s’en passer pour agir intelligemment. Le manque de modestie caractérise ceux qui en parlent de façon péremptoire. Il le faut car leur crédibilité est mise en cause tous les jours. C’est ainsi que de nombreux prêtres ont, pendant des siècles, berné des millions de fidèles, alors que la dimension religieuse pouvait se comprendre autrement et plus utilement. Pour l’écologie, le dogme de l’équilibre est aussi présent. Autre principe dont on ne discute pas : la compétition, ou la concurrence, pour expliquer les dynamiques économiques et écologiques… Le champion dans ce domaine a été sans doute Garrett Hardin, écologiste devenu économiste[4]. Sous une objectivité scientifique supposée apparaît nettement une imprégnation idéologique ultralibérale. C’est d’ailleurs un danger de ce type d’assimilation : la compétition est « naturelle ». Il est tout aussi naturel qu’elle s’exprime et comme il ne faut pas aller contre la nature, il faut la préserver voire l’encourager en économie et plus généralement dans nos sociétés. C’est d’abord ignorer que la coopération est tout aussi naturelle, comme tout un tas d’autres choses, tant la nature est un capharnaüm, et ensuite que l’une des caractéristiques « essentielles » de l’être humain est précisément de pouvoir échapper au naturel et que les familles et les sociétés humaines ont d'abord été constituées sur la coopération: les petits des humains ne surviveraient pas longtemps sans l'attention des parents et des autres qui les entourent.

On pourrait multiplier les exemples, le pire c’est cette confusion entre types de langages qui mène à imposer un ordre social ou écologique sur des bases purement idéologiques ou sur des croyances, comme la convergence vers un équilibre, ou que la concurrence est le principal vecteur du « progrès » économique et de la dynamique écologique. Notons néanmoins que l’écologie s’implique plus dans l’analyse des faits et données que l’économie, de même pour la modélisation qui les prend en compte, mais sans en tirer toujours les conséquences, par exemple en ayant implicitement une vision fixiste de la nature. Il reste aussi que le langage, notamment le vocabulaire, dit aussi être manié utilement : "Mal nommer les choses, c'est ajouter au malheur du monde" (Albert Camus).

Conseils de lecture :

ww.bpi.fr/economie/rene-passet-une-conception-originale-de-leconomie

https://lejournal.cnrs.fr/articles/leconomie-malade-de-ses-modeles

Pour l'écologie, la critique de l'utilisation du modèle "aire-espèces" pour évaluer les extinctions :

He F., Hubbell S. P. (2011) Species-area relationships always overestimate extinction rates from habitat loss. Nature, 473, 368-371.

C'est en particulier sur cette base que les discours catastrophistes sur la 6e grande extinction sont construits.

L’échange :

http://www.taieb.net/auteurs/Walras/mech_gf.pdf

La réponse de Walras à Poincaré est d’ailleurs curieuse. Il utilise des mathématiques et de façon plutôt élémentaire. Pourquoi s’est-il maladroitement placé sur le terrain d’un des plus grands mathématiciens de tous les temps ? Mystère, car il démontre ainsi qu’il n’a pas bien compris les critiques de Poincaré.

Bien d’autres références pourraient être citées, notamment celles qui sont critiques aussi bien en écologie qu’en économie et que pour la modélisation, et qui ne sont jamais prises en compte, notamment par les politiques.

_____________________________________________________________________________________________________________

_______________________________________________

Encore à propos de la biodiversité et... du hasard

Sans le vouloir vraiment, plutôt par nécessité mais aussi par curiosité, je me suis attaqué à deux questions ardues : celle de la biodiversité et celle du hasard. Elles ne sont d’ailleurs pas indépendantes. Difficiles, certes, mais pas insurmontables. Les deux sont esquissées dans l’ouvrage « La nécessité du hasard », puis dans un article ayant, d’ailleurs, attiré l’attention d’un grand journal britannique (The Guardian) : « Necessity of chance: biological roulettes and biodiversity » (1). D’autres articles et ouvrages postérieurs y font allusion, dont le dernier « Les cailloux du petit Poucet ». Deux événements récents m’ont montré l’ampleur de la tâche : ce qui pouvait sembler deux sommets difficiles, mais pas insurmontables, m’apparaissent aujourd’hui comme gigantesques : l’Everest et le K2 combinés, ou si l’on prend une autre image : la face ouest des Drus et la face nord de l’Eiger. Je pensais très naïvement avoir bien avancé, pour m’apercevoir que la paroi résiste au grimpeur solitaire et pire à des cordées, et si les membres hésitent quant au chemin à prendre, il est fort à parier qu’on n’ira pas loin. C’est ce qui est arrivé récemment.

Le hasard : après donc des tentatives solitaires, la question a été reprise dans le cadre d’un travail collectif très stimulant, avec des discussions parfois chaudes, nous rédigeons à quelques uns un chapitre sur le sujet pour le livre concrétisant ce travail: « Evolution, des galaxies aux sociétés humaines ». Las, au dernier moment, peu avant de boucler quelques co-auteurs s’opposent à sa publication, sans pour autant que nous ayons eu, auparavant, connaissance explicite des réticences. A titre personnel, cela me chagrine un peu, mais ayant ne partie utilisé le résultats de ces réflexions, dûment cités pas anticipation, je m’étais rendu compte que des difficultés persistaient (Cf., Les cailloux du petit Poucet). Nous étions encore loin du sommet. Mais peu importe il me semblait que nous avions progressé.

Nous touchons ici une autre difficulté lié au fonctionnement de la communauté scientifique et de ses institutions, comme nous allons le voir ci-dessous : pourquoi dans un ouvrage collectif, sur un sujet quelconque et d’autant plus s’il est ardu, ne pourrions-nous pas présenter des points faisant consensus et d’autres ne le faisant pas ? Et pourquoi cette tentation au blocage ? Si un grimpeur garde jalousement la carte de la voie qu’il a tentée, les suivants ne pourront pas en profiter qu’il ait réussi ou non. Et dans une cordée, si quelqu’un bloque, le risque est grand de dévisser.

Il n’y a pas de honte, la question du hasard est très ancienne, beaucoup y ont réfléchi avant nous, le tout est de savoir si nous avions progressé. Je pense que oui et même sacrément. Je ne désespère pas, il y a gros à parier ue nous allons nous remettre à la tâche, moi le premier.

Pour la biodiversité, les cadres sont différents : d’une part, une série de conférences données en Australie intitulées « Debates about biodiversity, scientific and social issues », d’autre part un travail collectif dans le cadre de l’Académie des technologies sur le sujet : « Biodiversité et aménagement des territoires ». En Australie, de Perth à Sydney en passant par Adélaïde et Melbourne, au cours des conférences données, je parle de l’érosion de la biodiversité, avec quand même quelques doutes, suite à l’effort de bibliographie que j’ai fait pour préparer ce cycle et quelques acquis précédents . Puis, au milieu de mon périple, un communiqué, à l’occasion du G8 de mai 2012, les Académies des Sciences de 15 pays ont envoyé un message en direction des gouvernants concernés. Elles identifient trois thèmes prioritaires : l’interdépendance des besoins en eau et en énergie, la gestion des risques majeurs, naturels et technologiques et la réduction des gaz à effet de serre. Tout cela est fort clair et pertinent, mais ce qui relève de la biodiversité est singulièrement absent; Pourquoi alors qu’on nous en parle presque quotidiennement ? Enfin, lors de ma dernière conférence à Sydney, je fais part de mes doutes, un collègue Australien me pose la question: « Ne pensez-vous pas que le concept de biodiversité  est un concept faible ? ». Je pense que j’ai répondu : «  je me pose aussi la question ».

Par ailleurs, dès 2009, j’avais tenté de sensibiliser l’Académie des technologies à la question, lors d’un exposé en séance plénière qui a rencontré un succès inattendu. Puis, en 2010, je prépare une contribution de l’Académie à l’occasion de l’année de la biodiversité, en prenant de consulter largement des collègues, notamment du CNRS. Je reçois alors une critique brève et assez sévère de la part d’un confrère, qui me prend de court. Cela étant, je ne désespère pas et, en 2011, je propose de créer un groupe de travail en partant de la question : Comment concilier activités humaines et maintien d’une nature viable, vivable et agréable en valorisant sa biodiversité ? Le groupe va concentrer sa réflexion sur le thème « Biodiversité et aménagement des territoires ». Progressivement, ses travaux et auditions vont l’amener à élargir sa réflexion, tout en se recentrant périodiquement sur sa question centrale. Puis arrive le projet de loi sur « la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages » et l’idée d’émettre un avis non pas précisément sur cette loi, mais sur le sujet plus vaste de l’expression juridique des préoccupations sur la biodiversité. Tout d’abord, les juristes du groupe nous livrent un bref historique. Ce n’est pas nouveau, même si d’autres mots étaient utilisés. On parlait de protection de la nature, ou de certains type d’écosystèmes, d’espèces ou ensemble d’espèces symbolique, etc. il nous apparaît alors que l’expression est de nature fixiste. De plus, les humains ne peuvent que dégrader. Le Jardin d’Eden n’est pas loin, Dieu et Lucifer, Adam et Eve non plus. Nous débattons longuement et repérons beaucoup de faiblesses dans les discours, y compris scientifiques, sur la biodiversité, quand il ne s’agit pas d’erreurs majeures, même dans des articles de grandes revues internationales. Par ailleurs, certains événements, à la limite du ridicule, nous alertent: l’argument biodiversité est parfois agité pour contrecarrer des projets au point qu’on peut se poser la question : s’agit-il de préserver une espèce ou de intérêts particuliers? Question à laquelle mes collègues sociologues m’avaient sensibilisé quand j’œuvrais au sein des programmes interdisciplinaires de recherche sur l’environnement du CNRS. Passons sur les détails, nous aboutissons à un projet d’avis de l’Académie sur le sujet. Nous passons de l’échelle du groupe à celle de l’ensemble de l’Académie. Les discussions sont agitées. Outre diverses sensibilités sur la question et, comme souvent, s’exprime le désir du politiquement correct, du « respect » du pouvoir politique, il faut limer, supprimer, ajuster, au risque d’aboutir à l’insipide. Après quelques débats,le bureau de l’Académie, dans sa grande sagesse propose un débat contradictoire. Un point important à souligner est la nécessité de refondre le concept scientifique qui a perdu de sa pertinence.

Ce débat a eu lieu est d’après ce que je peux savoir, à la grande satisfaction des membres présents. Un avis, ou une opinion sera publié(e) à l’automne. En attendant, je le suis livré à un exercice sur un point contesté, celui de la relation « aire-espèces » dont l’utilisation fait objet de débat. Cette contribution n’est pas complètement bouclée, mais déjà suffisante pour attirer, à mon sens, l’attention des lecteurs (cf. document pdf à télécharger). Peut-être en ferais-je une version publiable, mais l’accumulation des publications afin d’augmenter un indice que je critique vivement par ailleurs, ne m’intéresse guère. En revanche, je serais reconnaissant aux lecteurs qui en feront une utilisation quelconque, de la citer… quand même.

----------------------------------

Réforme(s)...

__________________________

La Biodiversité va avoir une loi, qui n'est pas une "loi de la nature"

À propos de biodiversité, il me semble nécessaire de donner quelques précisions, d’autant plus qu’une loi sur le sujet a été discutée à l’Assemblée Nationale récemment.

Tout d’abord rappelons que la biodiversité est d’une grande importance à plusieurs titres pour nos sociétés. Il est fondamental de l’étudier pour appréhender la dynamique du monde vivant. C’est aussi l’un des sujets actuels les plus médiatisés.

Ce néologisme créé en 1985, par Walter Rosen, a été développé en 1988, par Edward Wilson ; il a connu ensuite un grand succès aussi bien scientifique que médiatique, populaire et politique, notamment à la suite de la conférence de Rio en 1992. Auparavant, on parlait de diversité ou de variabilité biologique pour désigner les différences entre les êtres vivants, termes d’ailleurs toujours utilisés, mais limité au monde des biologistes.

Cette diversité nous est immédiatement sensible : sauf pour les jumeaux homozygotes, et encore, nos collatéraux ne nous ressemblent pas exactement, pas plus que nos enfants. On peut tout au plus détecter des « airs de famille ». Autour de nous, nous voyons des êtres vivants de différentes natures, les uns sympathiques ou inoffensifs d’autres moins. De fait cette diversité est observée à tous les niveaux d’organisation du monde biologique, du gène à l’écosystème : diversité des structures, des fonctionnements, des comportements, et des interactions.

La description et l’analyse de ces diversités permettent de mieux comprendre le vivant et son évolution, de mieux vivre avec. Déjà un vaste champ d’investigation, par exemple, la taxinomie permet de classer et de nommer des groupes homogènes, qu'on appelle espèces, puis en regroupant progressivement ces groupes, des genres, des familles, etc. Un autre exemple est la classification phylogénétique ou évolutive qui établit des relations de proximité au cours du temps; elle traduit l'évolution des êtres vivants. D'autres classifications sont possibles à partir d'autres critères, par exemple fonctionnels (par exemple, les organismes autotrophes ou hétérotrophes). La classification peut être décrite avec un vocabulaire ensembliste : deux classes sont distinctes, l'intersection des deux sous ensemble est vide.  

L’invention du mot biodiversité a conduit à élargir encore le concept en introduisant les multiples relations entre les humains et les autres êtres vivants de la planète : dimensions économiques, anthropologiques, symboliques, psychologiques, religieuses, etc. Sur le plan scientifique, l’écologie et les disciplines satellites, comme la biologie de la conservation, se sont appropriées le concept, rejointes par des sciences sociales (par exemple, la géographie, l'économie,  l'anthropologie). En revanche, les sciences de la vie, au delà de l’écologie, se sont peu mobilisées. Par ailleurs, le terme a été adopté par de nombreux acteurs sociaux. Il s’est peu à peu substitué au terme de nature.

Cependant, l’élargissement du concept a contribué à l’affaiblir. Déjà Condorcet remarquait que : « La nature est un de ces mots dont on se sert d’autant plus souvent que ceux qui les entendent ou qui les prononcent y attachent une idée peu précise ». On peut, aujourd’hui, en dire autant de la biodiversité. Concept de plus en plus évanescent, il devient difficile à cerner et à quantifier. Les discours tenus à son sujet sont souvent approximatifs et simplistes. Le recours à l’espèce comme référence presqu’unique, ainsi que des visions catastrophistes en sont des exemples. L’argument de la biodiversité, pourtant légitime, est parfois abusif et peut servir de prétexte pour contrer des projets, par exemple d’aménagement des territoires (barrages, aéroports, autoroutes, exploitations agricoles, etc.), inversement, il est utilisé pour justifier l’attribution de protections juridiques de différentes natures à des espaces (par exemple des réserves de divers) ou à des « espèces ». Ces discours affectent la consistance que les scientifiques, avec difficulté, tentent de donner au concept.

Sans entrer plus avant dans le détails, on note que les discours, même de certains scientifiques, présentent de grandes lacunes que plusieurs d’entre nous ont souligné à diverses reprises, mais dont il n’est jamais tenu compte. Quelques exemples :

• On note ce qui disparaît, pas ce qui apparaît, or souvent, quand un milieu est perturbé, c’est un changement de biodiversité et non pas une perte
• Les processus de diversification ne sont pas étudiés, ni évidemment évalués, souvent par ignorance de chapitres entiers de la biologie
• Derrière les discours, on peut souvent déceler des idées fixistes, nous sommes loin de conceptions évolutives
• Les méthodes d’estimation de la biodiversité donnent des résultats très imprécis, il est rare que les incertitudes soient évaluées
• Le mythe de la 6^e extinction est avancé, même sur le site du ministère de l’écologie (d’ailleurs, quelle drôle d’idée que de donner un nom de discipline scientifique à un ministère, c’est aussi vrai pour un parti politique !). Ceux qui l’avancent montrent encore une grave ignorance de ces phénomènes passés. Quant à mesurer des vitesses d’extinction à partir de données paléontologiques, pour comparer aux actuelles, elles-mêmes très imprécises, c’est un grand folklore
• Dire que la biodiversité est bonne en soi est une grave erreur : penser aux divers pathogènes qui vous rendent malades et peuvent même vous faire mourir
• Avancer les services des écosystèmes est une bonne chose, à condition de pondérer en mentionnant aussi ce qu’on appelle des « disservices ». Ainsi, les zones humides peuvent avoir un rôle de dépollution, mais elles peuvent être le refuge de pathogènes et de vecteurs de pathogènes. Elles dégagent aussi souvent du méthane. Il est nécessaire de faire des bilans
• On fait plus confiance aux ONG et associations qu’aux scientifiques compétents : « Le Panda pèse plus lourd que le CNRS » (Jacques Weber-. Par exemple, peu sont invités aux "Conférences environnementales" organisées par le gouvernement.

On pourrait multiplier les exemples. De fait, et c’est sensible dans le discours de Mme la ministre qui a présenté le projet de loi sur la biodiversité, la conception est fixiste, presque religieuse (on parle d’harmonie, d’alliance, quasiment au sens biblique, d'anthropomorphisme, par exemple quand la solidarité entre les êtres vivants est avancée). La loi au sens juridique remplace alors la connaissance scientifique, notamment les « lois de la nature » que les chercheurs essayent d’énoncer au prix d’un lourd travail. Le gestionnaire, l’administratif, le juridique, le politique se place, de fait, au-dessus de la science. La loi sur la biodiversité n’est pas qu'un acte politique, c’est une prise de position idéologique, un brin de démagogie pour satisfaire les écologistes (mais pas les écologues et encore moins les biologistes) et la traduction évidente d’une certaine ignorance scientifique. Une telle loi pourrait prêter à sourire, si elle n’était pas sans risque, pour la biodiversité en premier !

Cette position est personnelle, mais, je la sais partagée et certaines grandes Académies ont des idées voisines. Elles s’exprimeront sans doute prochainement.

Quelques références récentes

La biodiversité en question – Enjeux philosophiques, éthiques et scientifiques, sous la direction d’Elena Casetta et Julien Delord, Préface de Jean Gayon, Éditions Matériologiques, Paris, 2014.

Dornelas M., et al. Assemblage Time Series Reveal Biodivesity Change but Not Systematic Loss. Science, 2014, 344, 296-299. 

Costello M.J., May R.M., Stork N.E., 2013, Can We Name Earth’s Species Before They Go Extinct? 339, 413-416, 2013. Cet article fait le point sur les quantités raisonnables à retenir en matière de biodiversité.

Arnould P. Biodiversité, la confusion des chiffres et des territoires. Ann. Géo, 651, 2006, 528-549.

…

Le discours de Ségolène Royal à l’Assemblée nationale présentant la loi sur la biodiversité :

http://www.developpement-durable.gouv.fr/IMG/pdf/15041-3_loi-biodiv_nouvelle-harmonie.pdf

Et de très nombreuses autres publications, par exemple, celles citées dans les ouvrages mentionnés sur cette page, notamment le dernier (cf. ci-contre et ci-dessous).

-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Le hasard dans les systèmes vivants (suite !)

Je suis tombé « par hasard » sur cet article (The Guardian, 18 janvier 2015, Par Alice Roberts): 

Chance is hugely significant in biology. In fact, the presence of apparent randomness in so many aspects of biology – from mutations in DNA to the chance involved in that one sperm reaching that one egg that became you – suggests that randomness is useful, even necessary, in very many cases. The French biologist Alain Pavé has suggested that some biological mechanisms have evolved specifically to produce random events – to introduce chance. The existence of these mechanisms seems to have provided their owners with a survival advantage. He likens such mechanisms to biological roulette wheels. The events leading to conception, resulting in the infinitesimal chance of that one sperm meeting that one egg may be one such game of biological roulette. Another example is the random generation of antibody proteins, which pumps out a huge variety of antibodies and improves the chance of finding one that might “match” and help to destroy an invading bacterium. And ultimately, biodiversity may depend on such built-in biological games of chance.

L'idée fait son chemin, lentement bien sûr puisqu'elle bouscule bien des présupposés. L'article entier vaut la peine d'être lu.

Pavé A. La nécessité du hasard – Vers une théorie synthétique de la biodiversité. EDP-Sciences, 2007, 192p.

Pavé A. On the Origins and Dynamics of Biodiversity : the Role of Chance. Spinger, New-York, 2010.

Pavé A. Necessity of chance: biological roulettes and biodiversity. CR-Biologies  330 : 3, 2007, 189-198.

->Fichier (Cf., page "choix de publications à télécharger") : 45-AP-NoC-BioRou-CRBio330-2007.

Pavé A. La course de la Gazelle. Biologie et écologie à l’épreuve du hasard. EDP-Sciences, Les Ulis, 2011

Et mon dernier ouvrage :

Pavé A. Les cailloux du petit Poucet - Du laboratoire à l'Amazonie, à propos du vivant et des sciences qui en parlent. EDP-Sciences, 2015.

Cf., ci-dessous.

On peut également consulter d'autres ouvrages, par exemple sur la modélisation, mais leurs contenus sont assez techniques. Tous comportent néanmoins des parties très accessibles, des réfexions scientifiques plus générales.

____________________________________________________________________________________________________________

Suite à des demandes qui me sont parvenues récemment, le pdf de mon premier ouvrage : Probabilités, statistiques et biologie, écrit en 1975 avec Jean-Luc Chassé, est mis à votre disposition. N'étant pas un virtuose de la numérisation, la taille du fichier excède les possibilités de ce site. Les personnes intéressées peuvent me le demander, je leur enverrai avec plaisir en utilisant un autre vecteur.

---------------------------

À propos du Medef et de son Président, suite à son intervention à l’Académie des technologies du 10 septembre 2014

A propos de mon cours sur la modélisation des systèmes vivants

N'ayant obtenu que peu de réponses au message ci-dessous, il ne m'apparaît pas utile de conserver ce projet.

Le 23 septembre 2014

Peut-être certains d'entre vous ont été potentiellement intéressés par ce cours, pour lequel il existe deux ouvrages de référence récents (cf. colonne de droite, l'un en français et l'autre en anglais). De fait, j'ai recontré des difficultés techniques liées au serveur d'accueil qui oblitèrent la réalisation de ce projet: notamment l'impossibilité de mettre en ligne des fichiers audio ou vidéo commodes d'accès. 

Je suis près à faire un effort particulier si un nombre suffisant d'internautes sont intéressés (au moins 20). A cette fin, je serais reconnaissant à ceux qui le seraient de m'adresser un message, avant le 1er juillet, à l'adresse suivante : alain.pave@univ-lyon1.fr

Merci pour votre patience !

AP le 12 mai 2014

Le 14 avril 2014

Des événements récents m'ont fourni l'occasion de préciser un certain nombre de notions faisant partie du vocabulaire scientifique et quelquefois aussi utilisées par les médias à diverses occasions. Par exemple, une confusion est souvent faite et entretenue entre déterminisme et prédictabilité. En fait et contrairement à une opinion répandue le premier n'implique pas le second. On trouvera les résultats de cette réflexion individuelle et collective ci-dessous.

 2014 avec quelques nouveautés en 2014 :

Je pense que mon prochain livre "Les cailloux du Petit Poucet" sera terminé et édité cette année. Quelques débats scientifiques actuels sont présentés à partir d'une expérience personnelle: la vie est mon métier, l'extraordinaire épopée des sciences de la vie,  l'emploi des modèles, souvent efficace mais parfois maladroit, l'incontournable hasard, sans qui la vie ne serait pas possible, une analyse de l'écologie comme discipline scientifique, ses difficultés et ses promesses ainsi que son domaine de recherche aujourdhui privilégié: la biodiversité, l'interdisciplinarité, encore et trop souvent maltraitée et enfin l'aventure scientifique en Amazonie illustrant les propos précédents.

J'ai hésité avant de donner une orientation auto-biographique, comme me le disait un des mes confrères: "La pemière qualité du savant, c'est la modestie". Il a raison et j'ai failli abandonner ce projet, mais il n'était pas possible de laisser sans réponse une question récurrente qui m'est posée lorsque je vais parler à des jeunes publics: "Expliquez-nous comment vous en êtes arrivé là?".

Malgré son titre, il ne sera sans doute pas accessible à de très jeunes, mais certainement à leur parents et enseignants qui, je l'espère, pourront servir de médiateurs, et bien sûr à des étudiants.

J'essaie aussi de montrer que la pratique de la science n'est pas réductible à des accumulations de résultats ponctuels, mais doit aussi porter sur une réflexion sur ses fondements, sur ce qu'elle apporte au delà du progrès matériel, que la controverse est un moteur essentiel de son fontionnement, qu'il faut la connecter à nouveau à la philosophie et qu'elle est en constant progrès. Elle n'est pas définitivement établie dans l'ordre défini par Auguste Comte. Il n'est pas non plus question de défendre une science désincarnée, mais une science impliquée et éthique, utile sur beaucoup de plans.

La science est néanmoins maltraitée et mal relayée. Alors qu'il n'y a pas dans l'histoire de secteur ayant montré une aussi grande "rentabilité", souhaitons qu'elle ne soit pas asservie. Les chercheurs et enseignants-chercheurs sont au service de la société. Ils participent au développement culturel et économique du pays. Ils sont aussi des experts qui peuvent être consultés, notamment prr le pouvoir politique, ce qui n'est pas tours le cas même sur des sujets qui relèvent de leurs compétences. Comme l'a écrit un collègue et ami à propos de la Conférence environnementale de septembre 2013, où la science a été peu impliquée : "Le Panda pèse plus lourd que le CNRS" (*)... 

(*) Jacques Weber, La conférence environnementale : où est passée la science", Valeurs vertes, 124, 2013.

Lire aussi : Le développement durable à découvert (sous la direction d'Agathe Euzen, Laurence Eymard et Françoise Gaill), CNRS éditions, 2013. 

Ce livre montre en quoi les scientifiques sont impliqués dans ce débat très actuel. Pourquoi ne pas en tenir compte mesdames et messieurs les tenants du pouvoir ?

Texte de conférences : Debates about Biodiversity, Scientific and Social Issues

This text has been written to support a serie of talks based on a same conference presented by the author in Australian Universities (Perth, Adelaide, Melbourne and Sydney), and French Alliances in Australia during may 2012. This conference, with some additional information, has been also presented in the framework of an Advanced Research Institute: the Studium (Orléans, France), at the beginning of January 2013. The author wishes to thank all colleagues for the splendid organization of conferences, their acute remarks, which permitted progressively to improve the text. An event occurred when I was in Australia: the message of 15 Academy of Sciences to G8 to alert about environmental major problems. Curiously Biodiversity was omitted. Maybe some aspects developed hereafter could give an explanation for this omission. When it has been published, I was travelling between Perth and Melbourne, and I had to take it into account in talks, which followed the first release presented at the Western University at Perth. It was a real challenge. We have also to underline the actual work of the French Academy of Technologies on “Biodiversity and Management of Territories”, which will be published during 2014.

 DOWNLOAD AT THE END OF THIS PAGE

Mise en ligne d'autres articles en pdf, à télécharger, sur la page dédiée : Choix de publications à télécharger.

Compléments sur le cours de modélisation

Dans le courant premier trimestre de 2014, je vais mettre sous forme vidéo le cours fait dans le cadre de la filière "BioInformatique et Modélisation" de l'INSA de Lyon. D'une durée d'environ 20 à 25 heures, il sera accessible sur ce site et/ou sur celui de mon laboratoire. Il s'appuie largement sur l'ouvrage "Modélisation des systèmes vivants, de la cellule à l'écosystème" (Hermès/Lavoisier, 2012) et de sa traduction en anglais "Modeling Living Systems, from cell to ecosytem" (ISTE/John Wiley, 2012) (cf. marge gauche de cette page). Ce cours et ces ouvrages résultent de plus de trente ans de pratique de la modélisation et de son enseignement aux étudiants en sciences de la vie de l'Université Claude Bernard (Lyon 1) et aux élèves ingénieurs, notamment ceux de l'INSA de Lyon. Un forum sera ouvert pour répondre aux questions des internautes et pour inciter au débat entre eux.

A cette occasion, pour ceux qui seraient intéressés, je ne peux que les inciter à acquérir l'un des ces ouvrages ou... les deux. Le prix peut paraître dissuasif à premières vue, mais en fait le texte de base correspond au contenu réel de quatre ouvrages: d'abord une partie épistémologique et historique, ensuite une longue partie sur la théorie et la pratique de la modélisation dans les sciences de la vie comprenant de nombreux exemples que j'ai traités ou auxquels j'ai contribué,  puis une ouverture critique sur le futur et sur le bons usage de la modélisation, et enfin, une partie technique présentant les principaux outils mathématiques utilisés et détaillant certains d'entre eux. De plus, disposer de deux versions du même ouvrage, l'une en français et l'autre en anglais peut être très utile: le français demeure une langue scientifique très vivante, particulièrement pour discuter "mathématiques"; de son côté l'anglais est devenue une (la?) langue scientifique internationale. Elle est donc incontournable. La traduction a été effectuée par des professionnels.

Lors de mon exposé oral je donnerai les repères nécessaires. L'accès à cet exposé sera gratuit. Et j'espère en fournir une édition bilingue, qui après réflexion sera sans doute sous-titrée (à propos d'un film tourné en Auatralie, auquel j'ai participé, j'ai remarqué que cette façon de faire était plus efficace que le doublage ou l'expression directe en anglais). 

Cette émission à laquelle j'étais invité avec un collègue philosophe, Philippe Huneman, était consacrée à un sujet auquel j'ai consacré beaucoup de temps ces dernières années. J'ai écrit à ce sujet pour montrer que le hasard, souvent perçu comme négatif, est en fait essentiel pour la vie. Sans lui, pas d'évolution et donc pas d'êtres vivants sur la planète. Il n'est pas une entité évanescente mais est en partie "fabriqué" par les systèmes biologiques pour assurer leur survie et leur évolution. En ce sens, les processus qui l'engendrent sont des produits et des moteurs de l'évolution biologique. Cette nouvelle façon de voir conduit à rechercher ces processus à l'origine de la variabilté et de la diversité biologique. Les conséquences pratiques sont non négligeables, par exemple contrôler les mécanismes de diversification des microorganismes pathogènes pour mieux lutter contre eux, ou encore mieux comprendre la dynamique de nos grands écosystèmes, pour mieux les gérer. 

Merci à Mathieu Vidard, à Hugo Struna et à toute l'équipe de la "Tête au Carré". Je gage quand même que cette émission n'a pas été complètement due au hasard!

Comme toutes les émissions de France-Inter, celle-ci peut-être téléchargée. 

  http://www.franceinter.fr/emission-la-tete-au-carre-la-vie-a-l-epreuve-du-hasard#comment-283144 

--------------------------

Description du site :

Ce site commence par un bref CV ainsi qu’une liste de mes dernières publications (elles sont téléchargeables  grâce au lien qui suit chacune des références). Un dernier ajout: un texte sur l'interdisciplinarité au CNRS, qui résulte d'un travail collectif et dont j'ai assuré la rédaction (cf. le lien de téléchargement à la fin de cette page). On trouvera quelques commentaires sur ce texte dans la page actualité.

    Dans mon récit, on pourra trouver quelques éléments de ma jeunesse et une aventure scientifique que j’ai vécue ces dernières années. Elle illustre bien une démarche typique de recherche scientifique, même si elle est quelque peu exotique.

    Mon métier est la recherche et l’enseignement. J’ai néanmoins consacré une partie importante de mon activité à l’animation et à la gestion de dispositifs scientifiques, aspects peu développés dans mon RÉCIT. Le lecteur curieux pourra en trouver un exposé dans ma biographie sommaire téléchargeable (cf. FICHE PERSONNELLE) et, pour les événements récents, à la page ACTUALITÉ où j’exprime notamment mon désaccord quant à la politique actuelle en matière de recherche et à sa déclinaison au CNRS. Si, sur le fond, je suis en accord avec la politique d’autonomie des universités, en revanche, la mise en place précipitée pose problème. Et l’attaque manifeste contre le CNRS, vieille antienne d’une droite réactionnaire et d’une gauche non moins réactionnaire, est porteuse de dangers pour notre système de recherche, pour ses personnels, et aussi pour les universités et ses partenaires qui travaillent en bonne intelligence et complémentarité avec ce grand organisme depuis 50 ans, organisme que le monde entier nous envie. Pour des raison de simplicité le document correspondant peut aussi être téléchargé grâce au lien en bas de page.

Sur le site du CNRS Guyane l’internaute intéressé trouvera des informations sur la recherche en Amazonie menée pas le CNRS : http://www.guyane.cnrs.fr/

NOUVEAU !!! L'écologie est une discipline scientifique solide et d'avenir, mais elle souffre d'un handicap : la confusion avec des mouvements politiques et une forte impregnation idéologique avec des relents de fixisme, sans que les écologues, c'est-à-dire les scientifiques spécialiste de cette discipline, en aient le plus souvent conscience. Ce point de vue est développé dans un texte téléchargeable (cf. bas de page).

L’incertitude est une propriété fondamentale de notre monde, or cette propriété est niée, pour éviter ses «excès» il importe de mettre en place des régulations, en revanche trop de contraintes risque de «geler» les systèmes visés et d’oblitérer toute évolution. S’il importe de bien contrôler un procédé industriel, en revanche laisser des écosystèmes à leur propres dynamiques est essentiel pour préserver leur biodiversité et les propriétés qui en dérivent. Que dire du système économique international? Comme tout système il doit être régulé, le tout est de définir le niveau de régulation, notamment celui son volet financier. N’étant pas spécialiste de la question je ne peux pas en dire plus, sinon d’affirmer la nécessité d’une régulation. Le lecteur intéressé pourra pourra trouver des détails dans le fichier téléchargeable en bas de page.

Site en ligne
Vous trouverez sur mon nouveau site Internet une présentation de mon parcours professionnel et quelques informations personnelles et ci-dessous mes principaux ouvrages. Des articles sont également téléchargeables (cf. fin de la page d'accueil et la page : choix de publications à télécharger), la plupart ont été publiés dans des revues, mais quelques récents, plutôt des articles d'opinion, sont accessibles aussi. Si vous vous en inspirez pour vos propres travaux, n'oubliez pas de les citez. Merci d'avance !